在霍夫曼强力整合与推动下，原本散落各处的超级炸弹项目人员与科研力量逐渐整合在了一起，但其间并不顺利，陆军军械局、海军和空军军备局等军事机构、威廉皇帝物理研究所等研究机构均纷纷插手，行政的、经济的、学术的乃至意识形态的力量渗透其间，表面上大家都为了同一个目标，但实际上各有各的小算盘，这让霍夫曼很头疼。
那些明面上彬彬有礼的专家中也存在着不大不小的矛盾：以海森堡为首的理论物理学家与瓦-尔特-博特为首的实验物理学家之间存在着“能源派”与“炸弹派”的矛盾，炸弹派中又有“铀路线”与“钚路线”的分歧。在霍夫曼看来，所有关于早期原子能利用与核工程项目中出现过的争论在德国科学家身上都可以找到，偏偏一个个来头不小且互不买账。
更要命的是，科学家们虽然彼此间争得面红耳赤，但对行政官僚和军方将领的态度却基本一致——认为他们啥也不懂。在专家眼里，没有物理学或者放射化学博士学位打底，连入门讨论资格也没有。德国人崇尚权威不假，但学术领域崇尚的是学术权威而不是行政权威。倒是霍夫曼和这批专家们沟通几次后博得了初步认可，认为元首是官僚中最清楚铀项目底细的人。
施佩尔费尽心机进行了统合，建筑师出身的军备部长虽然同样对核武器一窍不通，但对工作统筹与项目人员进行了比较理想的搭配，完成了最让霍夫曼头疼的前期准备。根据统一安排，项目负责人由施佩尔亲自担任，日常工作组织开展与费用拨付由米尔希元帅具体负责，学术负责人则由海森堡和博特分别担任正副手。
米尔希元帅与铀项目的关系一直纠缠不清，直到被发配去看管战俘营后才脱离工程，但所有人都没想到，仅仅几个月，这个被认为完全靠边站的元帅重新站在舞台中央——不但担任了军备部副部长和托特组织的负责人，还出任整体项目的实际领导。
从1942年9月霍夫曼决定加速超级炸弹项目并拨款5亿马克以来，整个项目以“阿波罗”为代称加速运转，他前后陆续发布了4条最高指示，虽然每条都假托“美国情报”，但对项目具有重大意义。
第一，海森堡教授有关几吨、甚至几十吨放射性元素才能打造一枚炸弹的理论数值是错误的，必须重新计算；
第二，肯定了低浓度的核原料充当能源，高浓度的核原料充当炸弹的想法——让能源派与炸弹派都有台阶下；
第三，炸弹需要的元素有两种，一种是铀，一种是94号元素（钚）——肯定了“铀路线”与“钚路线”两条道路都有合理性；
第四，不管炸弹需要多少原料，先提取一些高浓度原料用于实验，积累经验，途径是离心机气体扩散法。
“尊敬的元首……”虽然海森堡最初的计算数字经过再计算后被认为是错误且进行了修正，但一干学者包括意见最大的博特教授并不认为他的能力存在问题，这是学术研究中的正常现象，海森堡本人愉快地接受了这个修正——虽然在霍夫曼看来离正确数字还差得很远。
他站起来进行主题发言，因为对象不全是专家，因此比较通俗易懂：“我们研究了情报人员从美国人那里弄来的草图，虽然不明白具体结构和设计意义，但原理是能推测出来一些的……现在，两座反应堆的运作都很良好。”
霍夫曼不动声色地点点头，他知道这句话后面的隐情：海森堡认为维持链式反应最好的减速剂是重水，并设计了“铀-重水反应堆”；而德国首席实验物理学家博特认为最好的减速剂是石墨，并针锋相对地设计了“铀-石墨反应堆”。两人之间既有理论派与实验派的对立，又有科研方向的不同。
施佩尔对此很头疼，以他孱弱的物理水平根本听不懂其中区别，论名气海森堡更响亮一点，论工作博特更早开展一些，直到霍夫曼拍板：拨款5亿，两种都搞。
博特关于石墨的实验实际上已搞过很多次，此前一次也没成功，海森堡自己也搞过，同样没成，但随后实验重水却成了——所以他认为石墨不行，只有重水才是正确道路。
好在霍夫曼知道其中缘由：德国科学家用的材料因几个犹太裔工程师使坏掺假以至于总得不出理论数字，然后这帮老实的科学家从没怀疑石墨有问题，总以为思路不对，霍夫曼介入后，困难一下子就排除了，这个结果让他提供的“美国情报”一下子在阿波罗项目中有了很高可信度，也让“最高指示”能取信于民。
即便霍夫曼凭记忆手绘的原子弹草图很潦草，也说不清楚其中所以然，更说不清楚这到底是正式图纸还是美国核物理学家随手画的草图，这批学者还是认认真真研读了“美国情报”——实际上美国自己压根还没草图，完全是霍夫曼按中学物理课本想出来的。
海森堡同样不知道为维持他关注的重水反应堆，元首花费了多少力气：兰克突击队完成摧毁超级机密的任务后，全部潜入挪威保卫重水工厂，驻扎在挪威的部队抽出1个师进行要害守卫，耶顺内克特意在该方向部署150架战斗机并建造防空塔。英国特工几乎每隔2个月前来破坏一次，10月，12月，2月，4月都有各种各样的故事发生，但经勃兰登堡部队的努力，渗透进来的特工和挪威抵抗组织次次被消灭，成不了气候。而英美空袭也遭到挫败，除探明这是德军重点防御区域外，没有一颗炸弹落在重水工厂上。
霍夫曼有自己的考虑，他知道挪威也好、本土也罢，一直有盟军间谍在死死盯着重水工厂，因此干脆用两条腿走路的方针：用海森堡的重水堆在明处吸引火力，让博特的石墨堆在暗处慢慢发展。
不过有一点很遗憾，由于德国各理论学派和科学家之间相互扯后腿，以至于本来比美国早1年多弄出实验性反应堆的德国在标准石墨反应堆进度上反而比美国人慢了3个月——去年年底费米就在芝加哥完成了石墨堆启动，而博特的石墨堆直到4月初才成功。
“我现在很想知道，您最终计算出来的炸弹临界质量是多少？”
“乐观估计在200千克，保守估计在600-800千克……”
“你们都这样认为？”霍夫曼转过头问其他学者，大部分人点头附和，只有寥寥无几的人露出略有所思的表情，但明确表示反对或有不同意见的一个也没有。
权威主义害死人啊，霍夫曼忍不住皱起眉头在心里叹息一声，海森堡新算出来的数字虽然比当初几吨乃至几十吨的数字下降了两个数量级，但依然大大超过必要的限度——这东西有20-30公斤基本就够了，但他没法说出来，他又不是研究核能物理的专家，既看不懂，也不会造，更没法在理论上说服别人。
“这么说起来，倘若用核元素制造炸弹并依靠飞机进行投掷是可能的？”
海森堡面有难色，但还是勉强表示：“应该可以，哪怕按照上限，制造出来的炸弹应该也在5吨以内，可用于实战——不过，我想现在暂时没人造得出来，不管是我们还是美国人。”
看霍夫曼沉默不语，海森堡依然没察觉到问题，反而兴高采烈地说：“经过几个月努力，我们费尽千辛万苦提炼了5克铀-235，丰度超过80%，证明离心机气体扩散提炼手法是可行的。好消息是，那地方如果开足马力，一个月能生产100克甚至更多的铀-235，坏消息是，为提炼这100克铀-235，我们会损失足够5个柏林所需的电力，施佩尔部长表示没这么多电力可供挥霍，目前最快只能按每个月3-5克的速度生产。这足够研究，但距离制造一枚炸弹还远远不够。”
“电力确实存在瓶颈。”施佩尔解释道，“我们需要电力制造坦克，用于提炼铝锭，虽然电力供应比去年大大增加了，但武器生产增长更快，所以没有过多电力。”
霍夫曼问道：“铀原料存在问题么？”
“没问题，我们2年前缴获了1200吨，然后陆陆续续又开采了400吨，大概可供提炼8公斤铀-235，开采工作现在全部停止了，我们拥有的矿石储备是世界最多的，而且全面停止了出口。”海森堡苦笑道，“只是提炼太慢了，按目前的速度，到战争结束都消耗不光库存矿石。”
霍夫曼只好再次叹气：海森堡不知道哪来的优越感，他心里急得上火，想尽一切办法推动，这帮科学家们还乐观地以为“老子天下第一”，认为如果“德国做不出来，没有一个国家可以造出来”。
不过他没法指责海森堡，他知道的是历史，是穿越，顶多再加一些虚无缥缈的“美国情报”，唯独没有有力证据。