日本此时并不清楚英美两国为了对付大和级而抽调如此众多的兵力，但由于南太平洋战事的发展，同样有一系列军舰的命运发生了走向改变：中了5条鱼雷的大和号在拉包尔匆匆忙忙补给后在3条驱逐舰的陪同下离开本队返回国内修理，已正式服役的武藏号则准备从本土出发赴新加坡并准备担当联合舰队新旗舰；由于扶桑号沉没，堀悌吉干脆让速度偏慢的山城号脱离第2舰队加入第8舰队作战序列，并要求第8舰队留守部队负责维持兵力已大大减少的南太平洋治安（可怜的三川军一）；由于第2舰队战列舰只剩下三条（长门、陆奥与武藏），考虑印度洋攻略兵力不够，在他的强烈要求下，原本打算改建为航空战列舰的伊势、日向两舰取消后续改建任务，与武藏号一起紧急支援并编入第2舰队。
日向号在5月份中因炮击训练事故爆炸的5号炮塔此时依然还是被炸坏的，由于没时间维修只能匆匆拆下炮塔在开口处盖上钢板上面加装新型25mm三联机关炮草草上阵，不过这几个月伊势级两舰也不是什么好处都没捞到，日向号在参加阿留申战役前试验安装了22号对海警戒电探，归国时遇到恶劣天气仍然一直为舰队保持正确航路，松田千秋舰长对此竭力鼓吹，而伊势号则试验安装了21号对空警戒电探，效果据说也不错。因此两舰在离开本土前将21、22号电探全部安装完毕，整个联合舰队几百艘军舰唯有这两艘老舰捞到了这种实惠。
南太平洋海战胜利对日本海军后续发展的冲击是全方面的：鉴于大和号在这次作战中的出色表现，原本已设计好准备将大和级第3舰（信浓号）拿去改建航母的方案一下子没人说了，反而一个个转变立场主张继续按战列舰建成，连山本五十六和堀悌吉都持这种主张，而且希望能在1944年6月底前建成，因此原本应该停工改建的信浓号工程不但没停止，还快马加鞭地抓紧建设起来；千代田号、千岁号两艘水上飞机母舰预备改建为轻型航母，但此次战役中水上侦察飞机先敌发现对整个战役具有重要意义，使拥有24架水上飞机且能额外多提供1000吨燃油的两舰一下子突显了出对舰队作战的价值，海军省最终也放弃了改建想法；伊吹号是改铃谷级重巡洋舰的其中一艘，本也打算改建为航空母舰，因为重巡洋舰的价值不小且最近几个月的瓜岛战役连续损失了3条青叶/古鹰级重巡，因此索性放弃改建任务，继续按重巡目标建成。
放弃大量改建任务在海军省内部并不是没有阻力，但机动舰队司令官冢原二四三的态度很明确，现在最缺合格的航母飞行员和优秀舰载机，别到时候弄出一堆航母没飞机或没飞行员就麻烦了，对这种务实的态度霍夫曼私下表示了赞赏——历史上日本在马里亚纳战役中空有不少航母，结果根本没有载机可用，辛辛苦苦建出来的航母最后全变成了诱饵，不得不说是巨大的讽刺。
对联合舰队而言，航母毕竟还是十分急需的，在一系列半路出家的改建计划取消后，原准备用于改建航母的材料就有了富裕，同时基于航母的巨大价值，海军省对正规航母云龙级的建造迫切度便大幅度提高，所有物资一律优先保证，因此云龙、天城、葛城三舰的建造速度开始提速，按军令部的想法最好1943年底可以服役。为加快进度，一帮人为此绞尽脑汁，由于云龙级的图纸已送给德国方面参考，船政本部有人突发奇想地认为可以委托德国方面进行构件制造并准备在印度洋战役后运回安装。接洽之后霍夫曼也表示认可，因为德国也准备以云龙级为母版在意大利船厂开工新航母，双方一拍即合。按照日德双方约定，这种成品构件按日德协议中特种钢材3：1比例折算（即德国按特种钢材三分之一吨位提供构件即可）。双方算盘都打得很好——对日本而言，这是白捡回来的，对德国而言本就是答应提供给日本的，提供成品不但减少了特种钢材消耗还积累了制造经验，万一日本最后不要也没事，自己可以用。
最后有人脑洞大开地想到，既然航母构件可以让德国方面搞，为什么大和级的构件特别是装甲带不能让德国人搞呢？德国克虏伯公司对这个很有经验，日本的建造水平和经验还是从德国学来的，不过向不向德国提供大和号图纸海军自己还有争议（霍夫曼表示：大和我不稀罕，实用点给个大风图纸吧）
最后一艘改变命运的是德国豪华客船“沙恩霍斯特号”，这是由北德意志罗伊德公司建造的快速邮轮，由于欧战爆发该船无法返回德国而一直留在神户，日本海军曾向德国接洽买下此舰并准备改装成航空母舰（约定战后付款），既然其他改建航母的计划取消了，该船自然也摆脱了改建任务，被海军当运兵船拿去使用，而且连购买的程序也不必走，日德协议中约定德国要给予日本100万吨船舶吨位，这条就折算成首批1.2万吨。
由于这次海战日本威力强大、以雷击性能突出而著名的各级驱逐舰除了搜救落水飞行员之外并无多少用武之地，反而发现舰队防空力量极其薄弱，另外前期瓜岛作战中各型号驱逐舰非但没找到夜战、雷战的感觉，反而屡屡在扮演老鼠快运角色中占得上风，因此船政本部的发展思路进行了偏移。岛风级的生产任务被砍掉而加大了秋月级防空驱逐舰的生产任务，与历史上不同的是，由于日德双边关系的密切，秋月级走向了另外一个极端，主炮设计从100mm变成了拟采用德制88炮、准备走高平两用的套路，并完全取消了鱼雷发射管——整个改进思路被称之为秋月改。另外还因为日本舰只屡屡被美国潜艇击沉，考虑今后一旦与德国贸易与物资运输的高密度频率，海军提出了反潜专用驱逐舰的建造需求，按照对舰火力薄弱、防空能力略逊一筹、反潜能力相对突出、速度一般（护航任务速度用不着很快）、建设成本要求尽可能低（因为要大规模批量建造）的要求，提出了丁型驱逐舰发展思路（就是英美的护航驱逐舰），并决定建造松级和橘级驱逐舰。
丁型驱逐舰设计过程中为适应量产对各部分设计都进行了简单化处理，如为减少施工难度，船体曲面大多改为直线方向。另外在材料等级采用上也下降了，以往日本驱逐舰为了减轻重量在舰体结构材料上采用不同策略：重点部位使用DS钢（特殊钢），板材厚度能减的一定要减少，但DS钢的生产性很差且焊接困难，为了降低成本且给其他舰船让路，丁型驱逐舰完全放弃使用DS钢，大量使用HT钢（高张力钢）来代替DS钢，而且即便是HT钢也是能省则省，其使用范围只限于上甲板和船底部外板的一部分，剩余部位一律使用MS钢（普通钢）来代替。基于这个立场又基于日后大规模运输需要的场景，船政本部对德国推广建造的意志轮也十分感兴趣，一方面直接拿了图纸准备仿照，另一方面还打算按照这个思路进行日本的自行简化设计（日本抠门是出了名的）。从工期评估来说，如果按照德国图纸建造，日本船厂的速度可能会不如德国本土，但超过意大利、法国、荷兰等国却绰绰有余。
原本历史上日本海军“改五计划”因为船厂能力限制根本无法同时兼顾大规模新舰只生产、旧船只改建与损伤舰船修复工作，导致新造出来的远不如损耗的军舰多，但因为南太平洋战役的胜利改变了历史，使日本取消了大量的改建任务，摆脱了大量舰只的损伤修复任务，不但后续新建计划能提前完成，反过来还能让一些被迫下马的舰只按时完工（比如伊吹）。
除军舰以外，飞机情况也发生了较大变化，当小泽三人组向国内发回零战改进型（Bf-119）大获成功的消息后，深有感触的海军航空本部心思立即就活了，马上想到了空有一身先进指标却一直无法上舰利用的“天山”舰攻和“彗星”舰爆，当然这两者的毛病是不一样的：天山的问题在于重量太大、起飞困难，彗星的问题在于速度太快，降落成问题（彗星在马里亚纳海战中经常冲到零战前面），归根到底的原因在于日本在航空开发领域技术积累的薄弱，因此立即将图纸交给德国方面，希望依靠外脑来改进。