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在菩提迦叶西方的邬金国境内达纳科夏（danakosha）湖中，有座小岛，岛上出现了一朵由诸佛加持力所成的千瓣莲花，从阿弥陀佛的心中，射出了一只标志着施(hri)字的金色金刚杵，就落在这朵莲花的胚胎上，金刚杵刹时变成了一个八岁孩童，手握金刚杵和莲花，相好、随行庄严。这孩子就在此处将甚深佛法传予岛上的勇父与空行。当时邬金国的国王因扎菩提因膝下无子，已倾囊向三宝献供并广施贫苦，最后为了寻得如意宝，他派出大臣奎斯那大热（krishnakara）前往这座大湖。在回程中，大臣克里斯纳大热和因扎菩提王相继看到了这位神童。国王认为这是对他祈求子嗣的回应，于是将他携回王宫，命名为莲花生（padmakara）。莲花生被送上了宝座，由所有臣民献上庞大的供养。
这位王子长大后，藉由运动和游戏引领了无数众生成熟。他迎娶光持（prabhadhari）为妻，以佛法治理邬金国。但他意识到若继续治理王国，将无法完成利他的广大福祉，便向因扎菩提王请求离去，当然不获应允。在一次的嬉游中，他不慎将三叉戟从手中滑落，掉落的三叉戟砸死了一位大臣之子，莲师被判刑、流放到尸林。他待在寒林、悦林、莎萨琳等处专修瑜伽行。在这期间他接受了两位空行母：降魔母及喜续母的灌顶与加持，当他能统招尸林的所有空行母时，被称作寂护上师（shanataraka**a）。然后莲师返回邬金国，回到湖上的小岛， 在那儿修习密咒乘和空行母的密语，借此号令了岛上的空行母。随后他在砾林修行，在一次净观中见到金刚瑜伽母而得到加持。他誓令岛上的龙族和星宿鬼神，由所有勇父和空行赋予超自然的神力，因此被称为金刚威猛力（sal）。然后莲师到了菩提迦叶的金刚座，示现许多神迹，人们询问他是何方神圣，当他回答说他是自生佛时，大家都不相信且有谤言。因诸多原因，必须有所师承，于是莲师前往萨诃国，从释迦光尊者（prabhahasti）剃度为僧，得授法名为释迦师子（shakya senge）。他接受了十八次瑜伽部密续，亲见到诸位本尊。之后他拜女性上师昆噶玛（kungamo）为师，昆噶玛是智慧空行母密智（guhya jnana）以尼师身的化现。莲师向她请求灌顶，于是她将他变成一个吽字吞下，再由密处释出。在其体内，莲师被授予外、内、密的灌顶，并清净了三种障。然后他见到了八大持明，接受八大部的仪轨。他从佛密大师（buddha guhya）接受了《大幻纲》（maha jala）的教授，从师利星哈接受了《大圆满》法。以此方式，莲师从印度许多博学、证悟的上师修学、受持了所有经部、续部、五明……等法教。他只学过以此即可精通所学，甚至勿须修持即能亲见所有本尊。这时他被称为爱慧上师（loden choksey）,并示现出圆满成熟持明果位的行止。然后莲师到了萨诃国，摄受了国王毘哈达拉之女、具德的空行母曼达拉娃（mandar**a）。他以曼达拉娃为修持的所依，在玛拉提卡的山洞里共修了三个月，于是阿弥陀佛亲临，授予两人灌顶，并加持两人与其无二无别。他们还得到了十亿的长寿密续，成就了长寿持明果位。在证得超越生死的金刚身后，两人回到了萨诃国传法，于化缘时被国王和大臣们抓住而活活生焚。莲师和明妃示现神变，将柴堆变成了一座冷湖，两人就安坐在湖中的一朵莲花上，众人于是生起了信心。他们教化萨诃国人修持佛法，人人皆证得了阿那含果而不复落返轮回中。然后莲师回到邬金国教化臣民。在化缘时，被认出而用一大堆檀香木来加以火焚。莲师和明妃再次毫发无伤地端坐在湖中的一朵莲花上，穿戴着一串颅骨饰鬘，代表将一切众生自轮回中解脱出来。因为示现此神变，莲师被称为莲花颅鬘力（sal）。他待在邬金国十三年，担任国王的导师，将整个王国转为修持佛法的国度。这段期间他赐予《法海总集》（yamtso）的灌顶和法教，国王、王妃和具缘弟子皆证得了殊胜的持明果位。为此，莲师被称为莲花王（ion）中的授记，莲师将自己变成比丘善力（wangpo dey），以便调伏阿育王。当阿育王有了不退转信时，莲师在一夜之间，于世上建了一百万座安放佛舍利的佛塔。莲师并降服了几位外道导师，也曾被一位国王下毒，但丝毫无损。当他被丢进河中时，让整条河逆流而上，并在空中飞舞。为此，他被称为大力金翅鸟孺童。此外，莲师还以取出《喜金刚续》（hevajra tantra）的上师阿阇梨莲花金刚、婆罗门萨哈拉、多毘黑噜嘎、毘汝巴、卡拉恰雅等许多大成就者的身形示现。他在大尸林禅修，将密法传给空行母，并降服外、内的世间鬼神，号令他们护持佛法，这时他被称为日光上师（myima oser）。当五百外道在菩提迦叶的辩经大会中，行将辩破佛法时，莲师挑战所有外道而获全胜。有些外道以恶咒猛诅，但莲师以空行母降魔母所授的威猛咒将其击溃。剩下的外道皆皈顺佛法，法旗高举入云。这时他被称为威猛狮吼（senge dradrok）。此时他已清净三种障，住于长寿持明果位，即已圆满了究竟的殊胜道。
在他前往位于印度、尼泊尔交界处的扬列穴山洞时，遇见了某位尼泊尔王的公主释迦天女（shakya devi），将她纳为修持所依与明妃。当他在修行清净黑噜嘎（vishuddha heruka）时，有三个大力鬼神制造魔障，使当地三年不降雨且疾病、饥荒横行。莲师派遣使者到印度询问其上师，应用何法来对治这些魔障。两名使者带回了普巴的教法，当两人回返尼泊尔的当刻，这些障碍就自动平息了。莲师和明妃证得了殊胜的成就，住于大手印持明的果位。莲师认为修持清净黑噜嘎能证得大成就，但此修法就像行旅的商人，会碰到诸多障碍；而普巴法则似不可或缺的护卫。为此，莲师写下来许多融合两者的仪轨，同时也誓令了普巴金刚的十六位世间护法。莲师还造访其他古国以弘传佛法，如邬金国近邻的胡穆祖、希科贾惹、达玛科夏、茹玛、提惹胡提、卡玛茹帕、坎恰……等诸多国家。他前往卓汀地方定时间并不可考，但他在当地所传下的《喜金刚》、《密月明点》（dra bindu）、《清净黑噜嘎》、《马头明王》、《普巴》和《本母》（mamo）等法，至今依旧流传着。一般认为莲师居住在印度三千六百年，传法利众。但学者们似乎持一半年限的看法，这仅是概数。为了调伏蒙古和中国的众生，莲师化身为国王陈永协（）和瑜伽士圆灯（tobden）.他也在象雄示现为神变降生之童子塔维·哈察（t**i hricha），传授大圆满口耳传承的教法，引领许多具德的弟子证得虹光身。依此，莲师在各地示现、化身种种、说各种语言以引领众生步入解脱之道的事业，是在是难以计量。
接着叙述莲师入藏的经过。当文殊菩萨化身的赤松德贞王二十岁时，他发下大愿要广布佛法圣教。他从印度应请了菩萨堪布（菩萨堪布较常见的名字是寂护大师，是替西藏第一批出家僧侣剃度的印度大师），传授十二因缘和十善行。一年以后，当大寺的地基打好时，西藏的群魔作乱，阻碍建寺的进行。依据堪布的预言，赤松德贞王派了五名飞毛腿去迎请大师莲花生入藏。莲师早已预知此事，于是抵达西藏、尼泊尔边境的芒玉，在前往卫藏的途中，他取道纳日、苍（译注：今日的后藏地区）和多康（译注：今日的安多与西康）等地，神变地遍访各地，令十二地母、十三歌神、二十一居士神和许多大力鬼神誓为护法。
在红岩的柽柳林，莲师和藏王碰面，两人一同前往哈波日山顶，号令一切的天神、群魔。莲师启建了桑耶寺，从铺设地基、监督直到完工，并召令当初建寺时阻碍的鬼、神帮忙。总共花了五年时间，完成宏伟的桑耶寺——不变任运成就寺，是包含三座王妃殿，比照须弥山周围四大洲、八小洲、日、月和铁围山规制所建成的寺庙群。在开光大典上，五瑞相纷呈。
赤松德贞王继而希望广译佛经，弘扬法教。他让许多聪颖的藏童学习，成为译师，又从印度延请其他精通三藏的大师，并由堪布剃度了七名首批的出家僧侣，逐渐建立起僧团。寂护大师、莲师、诸班智达，与毗卢遮那、噶瓦·巴则、秋若·禄宜·嘉岑和其他译师一同合作，将当时所有的佛经、密续经典和大部分的论典都移译成藏文。毗卢遮那和南开·宁波被派往印度学习，毗卢遮那跟随师利星哈学**圆满法，而南开·宁波则自大师吽噶拉（hungkara）接受了清净黑噜嘎的法教。两人皆证得成就，并将这些教法于西藏弘传开来。于是，赤松德贞王向莲师请求灌顶和教示，在桑耶寺上方闭关处的清浦，莲师开启了八大黑噜嘎仪轨的坛城，为九位心子传法，藏王亦身列其中。每位弟子各被授予不共的传承，每一位都依法修持而证得成就。莲师还为许多具缘弟子，以国王为首，诸位王子以及来自洛扎、汀卓等地的二十五位弟子等，传授了内密三部的其他无数甚深不共法教。莲师住藏五十五年又六个月，有四十八年是赤松德贞王在位期间，七年又六个月是其后的王子继位。莲师在赤松德贞王二十一岁师（西元八一零年）抵藏，藏王于六十九岁辞世。莲师又待在西藏数年，直到前往罗刹国为止。莲师亲自造访了纳日的二十座雪山，卫藏、后藏的二十一处修持圣地、多康的二十五处圣地、三处秘密峡谷和其他许多地方，都经过莲师的加持而成为修行圣地。因为知道后代的某位藏王会设法毁灭西藏的佛法，他留下了许多关于后世的预言，在付法给赤松德贞王和亲近的弟子后，莲师也埋葬了无数的伏藏教法，以赤松德贞王的八种个人伏藏为首，五大心意伏藏、二十五种甚深伏藏等。之所以要埋藏伏藏的原因，是为了预防密咒乘法教被摧毁、避免金刚乘的堕染活遭知识分子的修改、维续加持力，以及利益来世的弟子。莲师为每个伏藏法授记了取出的时间、取藏者的名字，以及将会持守法教的具缘者。他在十三处为“虎穴”的地方，以狂慧的怖畏忿怒尊身形示现，用誓约号令所有的世间鬼神侍奉佛法，并嘱咐他们守护这些伏藏。这时他被称为多杰·绰洛（dorje drollo）。为了令后人起信，他在本塘留下身印，在南措·曲莫留下手印，在帕洛·札卡以及其他数不清的地方都留下足印。赤松德贞过世后，莲师帮木替·苍波登基。他在昌都举办一场**会，在此将甚深法教托付给二王子贾瑟·拉杰，授记在十三世之后，他将会成为取藏的伏藏师而利益众生。关于莲师在西藏亲自授予灌顶的弟子人数，实在难以确切计数，但最有名的莫过于二十五位首传弟子、二十五位中传弟子和后期的视其为与二十一位弟子。莲师有八十位弟子在耶巴证得虹光身，在曲沃瑞有一百零八位禅修者，在扬宗有三十位密咒师，在雪札有五十五位证悟者；在女弟子中有二十五位空行母和七位瑜珈女，这些亲近弟子中有许多人皆有血亲系谱延续至今。
当莲师准备离去、前往西南方的罗刹国前，国王、大臣、所有弟子都试图劝阻莲师，但都无功而返。莲师一一给予诸多的开示和法教后，在伴随无数的天人献供中，乘着一匹马或一头狮子，由古塘的山径上离开。在拂尘洲的铜色山山顶，莲师度脱了罗刹国的国王夜叉颅鬘，假以其形。之后，莲师神变出莲花光的宫殿，庄严富丽、不可思议，同时在周绕的八小洲上，各化现出一个个相同的化身，成为国王而传授八大黑噜嘎的仪轨