而那几百个干部也十分重要，一方面政治处、参谋部等重要部门因此得以很快建立起来，另一方面将那些军事与政工干部安插下去，也有利于高原尽快控制住原来如同一盘散沙的抗联各路兵马，而他的名言“我宁要一千个服从指挥的部下，也不要十万各行其是的大爷；宁要一千个众志成城的指战员，也不要十万一盘散沙的乌合之众！”也随着抗联编制的大幅度调整迅速深入人心......
由于当初胡卫东的影响，现在的高原也认为虚胖的编制不但不利于指挥，更容易过早招致鬼子的重兵围剿，因此很快就对抗联编制进行了大幅度的瘦身，原本号称有十几个军的抗联被改编为三个纵队，每个纵队下辖三个支队，每个支队下辖三个团，其实就算这样的编制也仍然被高原认为注水严重，要不是被任命为抗联副司令员（高敬亭是司令员兼政委）的赵尚志指出一下子压缩得太狠，某些降职幅度过大的同志可能会有意见，而且抗联在高司令员的领导下一定会有迅速的发展，现在应该预留扩充队伍的空间，免得不久又要再次调整编制，反而影响了部队战斗力，高原这才有所节制，要是按他一开始的想法，其实是打算将抗联直接缩编为3旅9团的......
在抗联改编的过程中，八百余名特战队员除了一百余人留在司令部作为必要时的杀手锏，其余的全部分散了下去。这一方面是为了尽快将特种战术等抗联此前尚未掌握的新战术教给广大抗联指战员（注1）。另一方面则是建立以特战队员骨干、普通抗联战士全力配合的特殊游击战模式，以应对空前险恶的东北抗战局面。
高原认为，目前抗联的首要任务，是恢复东北人民的抗日信心，而要做得到这一点，首先必须将那些害群之马从抗日队伍里剔除出去，对于其中那些为祸甚大的土匪。抗联更是必须出手铲除，以洗清抗日队伍的名誉。对此抗联的战士们普遍举双手支持，但很多抗联指挥员都有疑虑。害怕这样做破坏了“抗日民族统一战线”，到时候被人拿这大帽子一扣，后果就会很严重。当年包括赵尚志在内的很多抗联高级干部都吃过这样的亏。
但高原听了这些意见之后，却当即指出“统一战线”是手段而非目的，切不可本末倒置。我党的“统一战线”政策主要有两方面的目的，其一是依据“旁观者清”的原理借助党外力量监督自己，以尽可能少犯错误；而更重要的则是抓住主要矛盾，尽可能地团结一切可以团结的力量以集中打击当前最主要的敌人，对于现在的抗联来说，就是要尽可能地争取外力帮助抗日。
就第一个方面来说，让那些祸害百姓的山贼土匪来监督人民群众的代表赤色党，岂不是天大的笑话？至于第二个方面。那些害群之马虽然有人有枪，但心思根本不在抗日上，祸害百姓倒是很来劲，将他们勉强留在抗日队伍中有害无益。何况纵观目前东北的各路抗日武装，（高原来东北之后）抗联的实力至少占据了所有抗日力量的**成。那些土匪武装就算有心帮助抗联，也没多大实际意义了，而消灭他们可以迅速挽回抗日队伍在东北群众之中一日不如一日的风评，抗联还能以相对于和日军交战较小的代价锻炼队伍、增强实力，何乐而不为呢？…。
接下来，高原根据抗联掌握的情报。将东北其他的“抗日”武装分成了三大类，即消极抗日却祸害百姓的、积极抗日却又祸害百姓的，以及积极抗日而且军纪较好的，对于第一种情况，坚决消灭之；对于第二种情况，则要求其接受改编，抗拒的也同样消灭；为数不多的第三种抗日队伍则以政治工作为主，宁可多花些时间，也要将其拉进党的怀抱......
除了清除那些混进抗日队伍的败类，抗联更是分散下去，以支队或者团级单位乃至规模更小的部队积极对日作战，考虑到当时抗联实力有限，高原命令抗联各部以日军开拓团和所谓的“集团部落”为攻击重点。在华北吃了多次大亏之后，日军各部对于口令愈发重视，特种兵们只靠着日语与缴获来的日军军装就想蒙混过关已经不太容易了，但日本开拓团这样的半军事组织却没有这样严密的组织纪律性，因此抗联很自然地屡屡得手。
至于所谓的“集团部落”，东北农村现在已经到处都是，总数至少上万，可是这个时空的关东军却因为华北压力太大的缘故而不可能拥有历史上那样恐怖的兵力，再扣去大中城市必需的守军，能够派去维持那些“集团部落”的兵力极为有限，即使鬼子被迫搞出大型化的“集团部落”，每个屯点的农民达到了300-500户，驻军也最多只有一个日军步兵小队，大多数“集团部落”更是只有两个鬼子兵加一个班的伪军，驱使着村子里抽出的壮丁作为炮灰，抗日武装来袭时就躲进土围子里面固守待援，却也令之前子弹不足、更缺乏攻坚能力的抗联等东北抗日武装颇为头痛。
注1：特种战术在东北比其他地区意义更大，此前由于东北人口相对较小，群众又因为鬼子的疯狂掠夺而十分贫困，野生动物虽然到处都是，但是生火却很容易被鬼子飞机发现，因此抗联食物的补充始终是个大难题。但特种部队来到东北后，却将各种野外生存技巧教给了抗联广大指战员，令他们对于野生动植物生吃的价值与安全性有了较为清晰的认识，同时经过训练他们消化系统的适应能力也大大增强，这在很大程度上缓解了食物供应的紧张，更是大大降低了因为消化系统疾病乃至食物中毒造成的非战斗减员，日军飞机侦查的效率也大大下降，这对抗联的发展与战斗帮助极大......