日军士兵拿出了玩命的架势，坚决不让林飞部队前进一步，澎湖岛是林飞的命脉，林飞怎么可能不拿下澎湖岛？因此他给部队下了死命令，必须拿下澎湖岛。
战士们冲上海滩，随即与日军士兵相遇，日军挖下了战壕，在战壕前面堆起了胸墙，躲在胸墙后面冲战士们开枪。
战士们在面对日军战壕的时候分成两个攻击组，一是火力支援组，另一个是冲锋突击组，火力支援组使用掷弹筒，从侧翼向日军战壕投掷出手榴弹，冲锋突击组则冲击战壕，与日军进行正面交锋。
日军守岛兵力只有3000多人，这些人被投放在澎湖岛的各个方向，每个方向的兵力都只有不到1000人，而这次登陆作战，林飞在一个方向上就投入了3000人兵力，兵力几乎是日军的三倍。
林飞的手中还有第四旅没有用，他在第五旅攻上岛屿之后，迅速把第四旅投入战场，这样一来，金龟首炮台附近的登陆战场上，林飞一下子就集中了两个旅，6000余人的兵力，是日军的六倍。
日军面对如此的优势兵力打击，根本抵挡不住，尽管日军有各种各样“和魂保佑”的口号，尽管日军有自诩天下第一的作战意志，可是在林飞部队的面前他们终于明白，他们崇拜的那些虚无缥缈的东西，终究不如子弹和刺刀管用。
金龟首炮台方向的日军眨眼间兵败如山倒，比志岛义辉只能从其他方向调集部队发动反攻，希望能把林飞部队打下大海，可就在这时，比志岛义辉接到了其他方向守军遭受小股部队袭扰的报告，原来是蛙人突击队攻上了岛屿，对日军发动了攻击。
比志岛义辉一时间左右为难，如果不调集其他方向的部队，金龟首炮台方向就会被全面突破，林飞部队将从金龟首炮台打开的缺口占领全岛，如果调集其他方向的部队，又会把空当留给林飞的小股部队，被小股部队造成重大损失。
比志岛义辉思量再三，决定弃卒保车，把大部队全都调到金龟首炮台方向，澎湖岛并不大，所以各个方向的日军很快就被调到了金龟首炮台方向，此时林飞部队已经进抵澎湖岛中部，双方随即在澎湖岛中部爆发了一场决战。
日军的指挥部位于澎湖岛中部，日军早就在这里修筑了工事，在这场决战中，他们便打算依托这些工事，顽抗林飞部队。
这些工事都是依山而建，用黄泥粘合山石而成，形如地堡，十分坚固，日本人又从华夏民间弄到了粘合黄泥的秘方，让这些堡垒非常坚固，手榴弹竟然都炸不开。
不过林飞部队又使用了全新的武器——燃烧罐，其实这种武器已经不能算全新武器了，在华夏帝国还没有成立的时候，林飞就见识过这种武器了，那是在林飞进攻巴扎哈伊城的时候，当地土人便使用了这种武器。
在攻打马尼拉的战斗中，林飞见识到了堡垒的防御力，他急需装备一批攻击敌人堡垒的武器，林飞自然地想到了火焰喷射器。
林飞于是想给部队装备火焰喷射器，火焰喷射器也成了第二批超级陆军武器计划的一部分，可是生产火焰喷射器需要的东西太多，首先就是汽油，由于华夏帝国的石油加工能力十分有限，所以生产出来的汽油数量极少，为数不多的汽油都用在云爆弹上了。
其次就是高压气体，火焰喷射器是依靠高压气体把油料喷射出去的，现在帝国的气体储藏和制备技术都不过关。
最后是点火技术，林飞开始的时候打算使用云爆弹中的点火技术，不过简单试验之后才发现，太不安全，因为云爆弹是用炸药点火的。
林飞打算研发新的点火技术，发现需要耗费相当长的时间，再加上前两项技术都不过关，最后只能暂时放弃火焰喷射器计划，为了打掉敌人的堡垒，便临时购置了一批燃烧罐。
燃烧罐在龙蛇谷战役和八卦山战役中都没有抛头露面的机会，在澎湖岛，它们终于大显身手了，林飞部队占据兵力优势，能够轻松地迂回到日军堡垒的后侧，然后扔出燃烧罐，罐子在堡垒射击口附近被撞碎，罐中的石油燃烧着流进堡垒。
烈焰在堡垒中肆虐，埋伏在里面的日军士兵惨叫着钻出堡垒，他们全身都起了大火，好似一个个人肉火炬，令人望而生畏。
日军本来希望用工事迟滞林飞部队的进攻，消耗林飞部队的有生力量，可是没想到堡垒反而成了埋葬他们的活棺材。
日军在方方面面都处于劣势，一败再败，下午四点，林飞部队全线突破日军防线，进逼比志岛义辉指挥部所在的高地。
指挥部里，比志岛义辉面对即将到来的败局十分平静，他的参谋们却十分惊慌，围着比志岛义辉不住苦劝：“将军，我们撤退吧。”
比志岛义辉冷笑一声，怒道：“撤退？撤退到哪里去？”
一个参谋说道：“澎湖岛北侧还有小船，我们可以乘坐小船撤回基隆。”
比志岛义辉朗声大笑，说道：“我是陛下的军人，在这种时刻理当战死沙场，为陛下捐躯，岂能贪生怕死，苟且偷生？”
参谋们纷纷劝道：“将军，雄鹰没有折断翅膀，就还能飞翔……”
比志岛义辉眉头一皱，怒道：“好了，不要再说了，我已经决定了，来人，传达我的命令。”
传令兵急忙跑到比志岛义辉的跟前，比志岛义辉沉声说道：“命令部队，全体玉碎！”
“玉碎”命令一出，众人一片肃然，比志岛义辉伸手抽出了指挥刀，冲指挥部众人说道：“全体人员，烧毁机密文件，拿起武器，跟我做最后的冲锋！”
由于比志岛义辉的部队是后备联队，所以没有军旗，在这个生死关头，也不必像第十六联队和近卫师团那些联队一样烧毁军旗了。
后备第一联队的机密文件比较少，所以很快就烧毁一空，所有人都拿上了武器，有的掏出了手枪，有的捡起了步枪，还有的抽出了军刀，在日军中，军刀是不做统一要求的，既可以使用制式指挥刀，也可以使用家传武士刀，因此军刀五花八门。
比志岛义辉带着人从指挥所出来，远远地看到林飞部队正在冲锋，而日军士兵，早已经死伤遍地，比志岛义辉向着林飞部队的方向挥起指挥刀，“冲”字还没出口，一枚迫击炮弹便飞了过来，“轰”的一声在比志岛义辉的身边炸响，比志岛义辉飞了出去，身体被炸得血肉模糊，横尸当场。
比志岛义辉虽然死了，他身后的参谋们还是前赴后继地冲向林飞部队，结果自然是被全部击毙，晚上6点，战场上安静下来，林飞部队大获全胜，打扫战场的工作随之展开。
晚上7点，林飞在狙杀队的护卫下登上澎湖岛，来到岛屿中部日军指挥部，俯瞰全岛，心潮澎湃，这里是我们炎黄子孙的土地，现在，它终于回到我们的怀抱了！
正在林飞心中百感交集的时候，孟辉凯走到林飞的身边，小声说道：“陛下，澎湖岛的西侧还有一座西岛炮台，也是被周振邦拱手让给日本人的，陛下的军队还没有打到那里，要不要我做向导，去那座西岛炮台。”
林飞想了想，挥手把参谋何凯生叫到跟前，问道：“蛙人突击队有没有向西岛炮台渗透？”
何凯生答道：“唐队长报告过，他们的人已经占领那座炮台了。”
林飞笑了起来，看向孟辉凯说道：“好了，西岛炮台已经被我们的人占领了，不用你再辛苦了，去休息吧。”
孟辉凯答应下来，转身告辞，林飞知道战士们非常疲惫，于是下令把打扫战场的任务交给民工，让战士们好好休息，林飞也感觉很劳累，于是也去休息，他一躺下就睡着了，不知道过了多久，突然听到张闯的声音在耳边响起：“陛下，陛下。”
林飞猛地一睁眼睛，翻身坐起，问道：“出了什么事情？”
张闯轻声说道：“陛下，占领西岛炮台的蛙人突击队回来了。”
林飞愣了一下，说道：“回来就回来呗，大半夜把我叫起来，就是要说这个？”
张闯露出一阵惊慌，说道：“陛下，他们是被人赶回来的！”
“什么？赶回来的？”林飞惊呼起来，“腾”地一下从床上站了起来，“日军都被我打跑了，是谁有这个本事，竟然能把我的蛙人突击队赶回来？”
张闯神色一变，说道：“报告陛下，他们是清军，清军来了！”
林飞惊讶地问道：“清军？怎么是清军？”在整个保卫台湾的战争中，清军一直作壁上观，没有丝毫帮助台湾义军的意思，他们怎么会在这个时候突然冒出来登上了澎湖岛，还把自己占领西岛炮台的部下赶了出来？