如果这件事情被清廷和洋人抓住，大肆宣扬，无疑对林飞统治清国极其不利，尽管这件事情和清廷不放百姓出城关系很大，可一切的根源，还是在林飞的轰炸上。
林飞一直在清国百姓面前打造一个仁君形象，从目前来看，仁君形象打造得非常好，林飞在百姓之中口碑极佳，可是镇江之战，却可能让林飞的口碑一落千丈。
林飞很是后悔，不应该用战略轰炸的手段攻击镇江城，可是现在错误已经酿成，无可挽回，林飞能做的，只有尽量消除影响。
林飞首先做的，是指示宣传部门，不宣传这件事情，新闻通告上只说我军占领镇江城，至于如何打占领的，不要提及。
林飞还指示魏泽龙，对镇江战役中清国百姓伤亡数字守口如瓶，不向外界宣布此事，这件事情就被林飞压了下来，日后成为林飞的“黑点”之一，在你死我活的政治斗争中，镇江战役成为攻击林飞的重要武器。
镇江战役结束，南京就近在咫尺了，此时李鸿章才真正慌了。
南京是清国整个中部战区最重要的城市，一旦被华夏攻占，华夏将会在长江中下游站稳脚跟，华夏军向北可以与直属1师（也就是天津派遣军）、第9师等部队会师，向南可以与第9师、第900师等部队会合，对李鸿章所部清军完成战略合围。
华夏军还可以沿着长江西进，进攻安徽重镇安庆，江西重镇九江，兵锋直逼武汉，与广西、广东、云南的华夏军一起，对湖南和湖北的张之洞所部完成战略合围，到那时候，张之洞也不可能挡得住华夏军，张之洞就只有一条路可以走，那就是西进入蜀，避让林飞的兵锋。
一旦张之洞退入四川，驻守在开封洛阳一线的袁世凯就将陷入南北两面受敌的战略死地，到时候袁世凯也没有回天之力，只能西进，退入陕西，这样一来，清廷拥有的土地，就只剩下了山西、陕西、四川、甘肃等西北和西南省份。
李鸿章明白，自己必须不惜一切代价守住南京，否则整个清国就完蛋了。
五月一日，李鸿章在南京守军大营召开军事会议，商讨华夏军的进军路线和防御策略，李鸿章的幕僚们一致认定，华夏军想要进攻南京，有三条路线可以选择，第一，沿着长江逆流而上，这是最方便最快捷的。
第二，沿着陆路进攻南京东部。
第三，迂回到南京南侧发动攻击。
李鸿章认为，华夏采取第三条进军路线的可能性最小，如果华夏军想要攻击南京南部，那就要多走近百公里，期间要遭受清兵的层层阻击，而且迂回的路线上到处都是江南特有的水网地形，进军极其不便。
华夏军采取第二条路线的可能性也不大，因为南京城的东部有一座山，名叫钟山，钟山是南京重要的地理屏障，正所谓“钟山龙蟠，石头虎踞”，钟山就像一条龙，横亘在南京之东。
华夏军火力强悍，士兵作战骁勇，特别善于在平原地区打野战，如果进入山地作战，那华夏军的优势将无法发挥。
李鸿章认为，华夏军采取第一条进攻路线的可能性最大，华夏军很有可能利用手中强大的海军力量，沿着长江逆流而上，在南京附近登陆，而登陆地点，必然选在燕子矶。
燕子矶是长江三大名矶之一，历来是长江重要渡口，是兵家必争之地，宋金对抗之时，金兀术率领十万大军南下，宋军将领韩世忠、梁红玉率部发起黄天荡战役，大败金兀术，宋代时期的黄天荡，就在燕子矶一带。
在第一次鸦片战争时期，英军正是从燕子矶登陆，攻破南京城，一路烧杀抢掠，迫使清廷签订了丧权辱国的《中英南京条约》。
李鸿章决心选派一名得力干将，镇守燕子矶，由于在燕子矶发生的战斗，必然既有陆战，也有水战，所以李鸿章想要派遣一名海军军官镇守燕子矶，思来想去，罗荣光最为合适，可是罗荣光被谭嗣同打了个半死，罗荣光的亲卫营被谭嗣同尽数击毙，罗荣光对清廷已然满是恨意，所以不能再用他了。
李鸿章环顾帐下，刘坤一擅于陆战，不善水战，谭嗣同乃是一介书生，忠勇有余，才能不足，都不是镇守燕子矶的上佳人选，此时李鸿章突然看到一人，此人文质彬彬，戴着一副眼镜，身材瘦削，目光炯炯。
原来此人名叫谢葆璋，当年是北洋海军来远舰驾驶二副，作战骁勇，刘公岛战役时，来远舰被日军鱼雷艇偷袭，壮烈沉没，阵亡三十余人，谢葆璋在来远舰沉没之时，纵身跃下大海，在冰冷的海水中游了数个小时，竟然游回了刘公岛。
此事李鸿章深以为奇，特地约见谢葆璋，畅谈一番，深感此人之能力，担任驾驶二副实在是暴殄天物，于是将此人留在帐下，此时李鸿章决定，派出谢葆璋，镇守燕子矶。
李鸿章于是委任谢葆璋为燕子矶总兵，统领水陆部队，务必挡住华夏军，谢葆璋冷静地接受了命令。
在林飞时代，提起这个谢葆璋，知道的人可能很少，不过提起他的女儿，却是家喻户晓，一九零零年十月五日，他的妻子生下一个女婴，他为这个女婴起名叫“谢婉莹”，这个女婴长大之后起了一个笔名——冰心。
李鸿章又把南京城十万清军全部调动到燕子矶，加上燕子矶原有的十万守军，仅在燕子矶，清军就集结了二十万兵力。
李鸿章又派刘坤一镇守钟山，钟山兵力十五万左右，整个南京，已经投入了三十五万兵力，李鸿章又命令南京周围各州府县的清兵，严加防御，防止华夏军从南京南侧迂回，这些州府的兵力，总计也有十五万，南京一役，清军已然集结了五十万兵力。
谢葆璋到达燕子矶之后，立刻命令清兵征收附近清国百姓的民船，然后把这些民船用铁索相连，横在江面上，以抵挡华夏军的战舰。
谢葆璋又命令部下，在南京招募大批工匠，砍伐巨木做木桩，竖立于水下，木桩外面包裹铁皮，一旦运输船撞上木桩，就会被木桩开膛破肚。
水上防御如此坚固，陆地防御同样不弱，谢葆璋征集十万民夫，在燕子矶一带修筑战壕工事，谢葆璋知道华夏军火力凶猛，故此在战壕里挖掘了很多防空掩体，南京城中的西洋商人也来帮助清国，他们拿出了不少水泥，帮助谢葆璋修筑防空掩体，有了坚固的水泥，清军的掩体可以勉强挡一挡华夏的航空炸弹了。
李鸿章见到谢葆璋修筑层层防御，对谢葆璋大加赞赏，这让刘坤一颇为不满，刘坤一的资历比谢葆璋老多了，于是刘坤一也开始在钟山修筑工事，修筑工事的时候，刘坤一请来了南京城中的美国军事专家。
在美国军事专家的指导下，钟山布满了大大小小的工事，刘坤一甚至把手中仅有的一只炮兵队部署到了山顶，炮兵队有十五门德国造的山炮。
清军在燕子矶和钟山做出如此大的动作，魏泽龙不可能不知道，按照原定计划，魏泽龙要率领部队在燕子矶登陆，可是清军如此看重燕子矶防线，再去硬拼，恐怕会事倍功半。
于是魏泽龙给林飞发出消息，希望能够更改作战策略，林飞立刻召集参谋们商量，参谋们纷纷表示，清军虽然加固了燕子矶防线和钟山防线，可是这两条防线在我军的火力打击面前，并不是不可攻破的，我军完全可以按照预定计划发动攻击。
林飞摇头说道：“大家很了解我，知道我不喜欢和敌人硬拼，我还是喜欢用巧妙的办法攻破敌人，所以大家想一想，有什么巧妙的办法？”
众参谋一时间窃窃私语，这时溪云突然大声说道：“夫君，我们可不可让凝霜姐出动空降兵，直接在南京城空降？”
林飞狠狠瞪了溪云一眼，眼神中满是责备，这么多参谋都在这里，你怎么能叫我夫君？
溪云自悔失言，轻轻一吐舌头，低下头去，林飞正色道：“萨参谋这个想法并不可行，我们的空降兵并没有空降直取南京城的能力。”
众参谋还是没有好办法，林飞笑着说道：“我决定，让部队向南迂回，绕开钟山防线，从清军防御最空虚的南京南侧进攻南京。”
“这怎么能行？”众参谋一片惊呼，纷纷劝道：“陛下您请三思，如果向南迂回，绕开钟山防线，部队需要多走近百公里，这样结束战役的时间肯定会大大增加。”
“还有，如果向南迂回，南部到处都是密集的河流，现在又是五月份，正是降水增多的时节，南部河流会更宽，水流会更急，我们的进军速度肯定会被极大拖慢，现在清军的战略就是拖延时间，等待西方列强干涉，我们可拖不起时间啊。”