神宗范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝，讳翊钧，穆宗第三子也。母贵妃李氏。隆庆二年，立为皇太子，时方六岁。性岐嶷，穆宗尝驰马宫中，谏曰：「陛下天下主，独骑而骋，宁无衔橛忧。」穆宗喜，下马劳之。陈皇后病居别宫，每晨随贵妃候起居。后闻履声辄喜，为强起。取经书问之，无不响答，贵妃亦喜。由是两宫益和。
六年五月，穆宗崩。六月乙卯朔，日有食之。甲子，即皇帝位。以明年为万历元年，诏赦天下。祀建文朝尽节诸臣于乡，有苗裔者恤录。庚午，罢高拱。丁丑，高仪卒。壬午，礼部尚书吕调阳兼文渊阁大学士，预机务。秋七月丁亥，初通漕运于密云。庚寅，察京官。己亥，戒谕廷臣，诏曰：「近岁以来，士习浇漓，官方刓缺，诋老成为无用，矜便佞为有才。遂使朝廷威福之柄，徒为人臣报复之资。用是薄示惩戒，余皆曲贷。诸臣宜祓除前愆，共维新政。若溺于故习，背公徇私，获罪祖宗，朕不敢赦。」庚子，尊皇后曰仁圣皇太后，贵妃曰慈圣皇太后。八月戊午，祀大社大稷。九月甲午，葬庄皇帝于昭陵。冬十月己未，侍郎王遴、吴百朋、汪道昆分阅边防。辛酉，停刑。十一月乙未，河工成。十二月辛酉，振榆林、延绥饥。甲戌，以大行未期，罢明年元夕灯火及宫中宴。
万历元年春二月癸丑，御经筵。三月丙申，诏内外官举将材。夏四月乙丑，潮、惠贼平。庚午，旱，谕百官修省。五月甲申，诏内外官慎刑狱。六月壬申，振淮安水灾。秋七月，河决徐州。九月癸未，振荆州、承天及济南灾。丙戌，四川都掌蛮平。癸卯，停刑。冬十一月庚辰，命诸司立程限文簿，以防稽缓。十二月己未，振辽东饥。是年，暹罗、琉球入贡。
二年春正月甲午，召见朝觐廉能官于皇极门。二月甲寅，振四川被寇诸县。三月癸巳，赐孙继皋等进士及第、出身有差。夏四月丙寅，诏内外官行久任之法。五月辛丑，穆宗神主祔太庙。八月己巳，振山西灾。庚午，振淮、扬、徐水灾。冬十月甲寅，决囚。丁卯，视朝阅铨选。闰十二月庚寅，诏罢明年元夕灯火。是年，琉球入贡。
三年春正月丁未，享太庙。二月戊寅，祀大社大稷。辛巳，诏南京职务清简，官不必备。丙申，始命日讲官分直记注起居，纂缉章奏，临朝侍班。夏四月己巳朔，日有食之，既。壬申，书谨天戒、任贤能、亲贤臣、远嬖佞、明赏罚、谨出入、慎起居、节饮食、收放心、存敬畏、纳忠言、节财用十二事于座右，以自警。五月庚子，淮、扬大水，诏察二府有司，贪酷老疾者罢之。六月戊辰，浙江海溢。戊寅，命抚、按官，有司贤否一体荐劾，不得偏重甲科。是夏，苏、松、常、镇大水。秋八月丙子，礼部侍郎张四维为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。丁丑，河决高邮、砀山。戊子，免淮、扬、凤、徐被水田租。九月戊午，京师地震。冬十月丁卯，地再震，敕群臣修省。戊辰，停刑。十一月乙巳，祀天于南郊。十二月辛未，诏罢明年元夕灯火。是年，安南、琉球、暹罗、土鲁番入贡。
四年春正月丁巳，辽东巡按御史刘台以论张居正逮下狱，削籍。夏五月戊申，祀地于北郊。六月庚辰，复遣内臣督苏、杭织造。秋七月丁酉，谕吏、户二部清吏治，蠲逋赋有差，明年漕粮折收十之三。壬寅，遣御史督修江、浙水利。甲辰，修泗州祖陵。辛亥，草湾河工成。八月壬戌，释奠于先师孔子。是秋，河决崔镇。冬十月乙亥，振徐州及丰、沛、睢宁、金乡、鱼台、单、曹七县水灾，蠲租有差。是年，安南、琉球、乌斯藏、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密入贡。
五年春正月己酉，诏凤阳、淮安力举营田。二月乙丑，振广西饥。三月乙巳，赐沈懋学等进士及第、出身有差。夏五月癸巳，广东罗旁瑶平。秋八月癸亥，河复决崔镇。闰月乙酉朔，日食，阴云不见。九月己卯，起复张居正。冬十月乙巳，以论张居正夺情，杖编修吴中行、检讨赵用贤、员外郎艾穆、主事沈思孝，罢黜谪戍有差。丁未，杖进士邹元标，戍边。十一月癸丑，以星变考察百官。是年，琉球入贡。
六年春正月，筑决河堤。二月戊戌，免兗、青、登、莱所属逋赋。庚子，立皇后王氏。三月甲寅，礼部尚书马自强兼文渊阁大学士，吏部侍郎申时行兼东阁大学士，预机务。甲子，张居正葬父归。夏四月乙未，免湖广、四川逋赋。丙午，诏户部岁增金花银二十万两。六月乙未，张居正还京师。秋七月乙卯，吕调阳致仕。丙子，诏江北诸府民，年十五以上无田者，官给牛一头、田五十亩开垦，三年后起科。九月庚午，诏苏州诸府开垦荒田，六年后起科。辛未，停刑。冬十月辛卯，马自强卒。十一月辛酉，礼天于南郊。是年，乌斯藏入贡。
七年春正月戊辰，诏毁天下书院。二月己丑，遣使分阅边防。三月甲子，免淮、扬逋赋。夏五月癸亥，祀地于北郊。六月辛卯，核两畿、山东、陕西勋戚田赋。秋七月壬子，振苏、松水灾，蠲税粮。戊午，京师地震。是年，乌斯藏入贡。
八年春二月辛未朔，日有食之。戊子，耕耤田。戊戌，河工成。三月辛亥，奉两宫皇太后如天寿山谒陵，免所过田租。甲寅，还宫。丁卯，赐张懋修等进士及第、出身有差。夏闰四月庚申，广西八寨贼平。冬十月辛丑，汰内外冗官。乙巳，振苏、松、常、镇饥。十一月丙子，诏度民田。是年，琉球入贡。
九年春正月庚午，敕边臣备警。辛未，裁诸司冗官。癸酉，土蛮犯锦州，游击周之望败没。己卯，命翰林官日四人入直。辛巳，裁南京冗官。甲申，辽东总兵官李成梁袭败土蛮于袄郎兔。三月丙寅，大阅。是月，土蛮犯辽阳，副总兵曹簠御之，败绩。夏四月丁酉，振山西被灾州县。乙卯，振苏、松、淮、凤、徐、宿灾。户部进《万历会计录》。秋八月丁未，扬州大水。九月丁亥，停刑。冬十月己亥，土蛮犯广宁、义州，李成梁御却之。十一月丙戌，振真定、顺德、广平灾，免税粮。是年，裁各省冗官，核徭赋，汰诸司冒滥冗费。琉球、安南、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏入贡。
十年春二月癸巳，顺义王俺答卒。丁酉，免天下积年逋赋。三月庚申，杭州兵变，执巡抚吴善言。丁卯，兵部侍郎张佳胤巡抚浙江，讨定之。丙子，泰宁卫部长速把亥犯义州，李成梁击斩之。己卯，倭寇温州。夏四月戊子朔，谕礼部，令民及时农桑，勿事游惰。甲午，宁夏土军马景杀参将许汝继，巡抚都御史晋应槐讨诛之。庚子，以久旱敕修省。五月庚申，免先师孔子及宋儒硃熹、李侗、罗从彦、蔡沈、胡安国、游酢、真德秀、刘子翚，故大学士杨荣后裔赋役有差。庚辰，振畿内饥。六月丁亥朔，日有食之。壬寅，振太原、平阳、潞安饥。乙巳，前礼部尚书潘晟兼武英殿大学士，吏部侍郎余有丁为礼部尚书兼文渊阁大学士，预机务。晟寻罢。丙午，张居正卒。秋七月庚午，振平、庆、延、临、巩饥。九月丙辰，以皇长子生，诏赦天下。甲子，上两宫皇太后徽号。冬十月丙申，苏、松大水，蠲振有差。十二月壬辰，太监冯保谪奉御，籍其家。壬寅，复建言诸臣职。是年，免畿内、山西被灾税粮。哈密、乌斯藏入贡。
十一年春正月壬戌，敕严边备。闰二月甲子，俺答子乞庆哈袭封顺义王。缅甸寇永昌。乙丑，如天寿山谒九陵，免所过田租。庚午，如西山谒恭让章皇后、景皇帝陵。辛未，还宫。乙酉，振临、巩、平、延、庆五府旱灾，免田租。三月甲申，追夺张居正官阶。庚子，赐硃国祚等进士及第、出身有差。夏四月丁巳，张四维以忧去。己未，吏部侍郎许国为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。甲戌，承天大雨，江溢。是月，广东罗定兵变。五月，我大清太祖高皇帝起兵征尼堪外兰，克图伦城。六月乙丑，振承天、汉阳、郧阳、襄阳灾。秋八月丙辰，免山西被灾税粮。九月甲申，如天寿山谒陵。己丑，还宫。冬十月癸亥，停刑。辛未，河南水灾，蠲振有差。十一月己卯朔，日有食之。十二月庚午，慈宁宫灾，敕修省。是年，琉球入贡。
十二年春二月丁卯，京师地震。己巳，释建文诸臣外亲谪戍者后裔。三月己亥，减江西烧造瓷器。夏四月乙卯，籍张居正家。丁巳，游击将军刘綎讨平陇川贼。五月甲午，京师地震。六月辛亥，以云南用兵，免税粮及逋赋。秋八月丙辰，榜张居正罪于天下，家属戍边。九月丙戌，奉两宫皇太后如天寿山谒陵。己丑，作寿宫。辛卯，还宫。冬十月丁巳，停刑。丙寅，免湖广、山东被灾税粮。十一月己丑，余有丁卒。十二月甲辰，前礼部侍郎王锡爵为礼部尚书兼文渊阁大学士，吏部侍郎王家屏兼东阁大学士，预机务。癸亥，罢开银矿。是年，安南、乌斯藏入贡。
十三年春正月辛卯，四川建武所兵变，击伤总兵沈思学。二月丁未，南京地震。京师自去年八月不雨，至于是月。庚午，大雩。三月甲申，大雩。己丑，李成梁出塞袭把兔儿炒花，大破之。壬辰，减杭州织造及尚衣监料银。尚宝司少卿徐贞明督治京畿水田。夏四月丙午，大雩。戊申，以旱诏中外理冤抑，释凤阳轻犯及禁锢年久罪宗。戊午，步祷于南郊，面谕大学士等曰：「天旱虽由朕不德，亦天下有司贪婪，剥害小民，以致上干天和，今后宜慎选有司。」蠲天下被灾田租一年。五月丙戌，雨。六月辛丑，慈宁宫成。壬寅，建武所乱卒伏诛。是月，四川松、茂番作乱。秋八月己酉，京师地震。闰九月戊戌，振淮、凤灾。癸卯，如天寿山阅寿宫。戊申，还宫。庚申，停刑。冬十二月丁卯，汰惜薪司内官冗员。是月，顺义王乞庆哈卒。是年，土鲁番、乌斯藏入贡。
十四年春二月癸未，严外官馈遗。三月戊戌，以旱霾，谕廷臣陈时政。癸卯，禁部曹言事，罢治京畿水田。癸丑，赐唐文献等进士及第、出身有差。戊午，久旱，敕修省。夏四月癸酉，京师地震。六月癸未，松茂番平。是夏，振直隶、河南、陕西及广西浔、柳、平乐，广东琼山等十二县饥。山西盗起。秋七月癸卯，振江西灾。戊申，敕户、兵二部抚安灾民，严保甲。是月，淇县贼王安聚众流劫，寻剿平之。九月壬辰，王家屏以忧去。乙卯，停刑。己未，发帑遣使振河南、山东、直隶、陕西、辽东、淮、凤灾。冬十月丙寅，礼部主事卢洪春以疏请谨疾，杖阙下，削籍。十一月癸卯，祀天于南郊。是年，土鲁番入贡。
十五年春正月壬辰，发帑振山西、陕西、河南、山东诸宗室。三月乙卯，乞庆哈子撦力克袭封顺义王。夏四月，京师旱，大疫。六月戊辰，禁廷臣奢僭。是月，京师大雨。振恤贫民。秋七月，江北蝗，江南大水，山西、陕西、河南、山东旱，河决开封，蠲振有差。八月庚申，以灾沴频仍，敕抚、按官惩贪吏，理冤狱，蠲租、振恤。九月丁亥朔，日当食，阴云不见。己丑，停刑。冬十月庚申，大学士申时行请发留中章奏。十一月戊子，郧阳兵噪，巡抚都御史李材罢。是年，哈密、琉球、乌斯藏入贡。
十六年春三月壬辰，诏改《景皇帝实录》，去郕戾王号，不果行。山西、陕西、河南及南畿、浙江并大饥疫。夏四月，振江北、大名、开封诸府饥。五月，四川建昌番作乱，讨平之。乙巳，以军储仓火及各省灾伤，敕内外官修省。六月庚申，京师地震。甲子，以灾伤停减苏、杭织造。秋七月乙卯，免山东被灾夏税。庚午，定边臣考绩法。八月乙未，诏取太仓银二十万充阅陵赏费。九月己未，停刑。庚申，如天寿山阅寿宫。甲子，次石景山观浑河。乙丑，还宫。庚午，甘肃兵变，巡抚都御史曹子登罢。是月，青海部长他不囊犯西宁，杀副将李魁。冬十一月辛酉，禁章奏浮冗。是年，乌斯藏入贡。
十七年春正月己酉朔，日有食之。丁巳，太湖、宿、松贼刘汝国等作乱，安庆指挥陈越讨之，败死。二月丙申，吴淞指挥陈懋功讨平之。三月丙辰，免升授官面谢。自是临御遂简。癸亥，云南永昌兵变。乙丑，赐焦竑等进士及第、出身有差。夏四月己亥，王家屏复入阁。始兴妖僧李圆朗作乱，犯南雄，有司讨诛之。六月甲申，浙江大风，海溢。己丑，永昌乱卒平。乙巳，南畿、浙江大旱，太湖水涸，发帑金四十万振之。秋八月壬寅，严匿名揭之禁。冬十月癸未，停刑。癸卯，黄河决口工成。十二月己丑，谕诸臣遇事勿得忿争求胜。是年，安南、乌斯藏入贡。
十八年春正月甲辰朔，召见大学士申时行等于毓德宫，出皇长子见之。夏四月甲申，振湖广饥。六月己卯，免畿内被灾夏税。甲申，青海部长火落赤犯旧洮州，副总兵李联芳败没。乙酉，更定宗籓事例，始听无爵者得自便。秋七月庚子朔，日有食之。乙丑，召见阁臣议边事，命廷臣举将材。己巳，兵部尚书郑雒经略陕西四镇及山西、宣、大边务。是月，火落赤再犯河州、临洮，总兵官刘承嗣败绩。八月癸酉，停撦力克市赏。冬十月戊寅，振临洮被兵军民。十二月甲申，遣廷臣九人阅边。是年，安南入贡。
十九年春正月，顷甸寇永昌、腾越。二月乙酉，总兵官尤继先败火落赤余众于莽剌川。闰三月丁丑，以彗星见，敕修省。己卯，责给事中、御史风闻讪上，各夺俸一年。夏四月丙申，享太庙。是后庙祀皆遣代。五月壬午，四川四哨番作乱，巡抚都御史李尚思讨平之。六月壬子，王锡爵归省。秋七月癸未，谕廷臣，国是纷纭，致大臣争欲乞身，此后有肆行诬蔑者重治。八月丁酉，免河南被灾田赋。九月壬申，许国致仕。甲戌，申时行致仕。丁丑，吏部侍郎赵志皋为礼部尚书，前礼部侍郎张位为吏部侍郎，并兼东阁大学士，预机务。冬十月癸巳，京营军官哗于长安门。十二月甲午，诏定戚臣庄田。癸丑，河套部敌犯榆林、延绥，总兵官杜桐败之。是年，畿内蝗，南畿、浙江大水，蠲振有差。琉球入贡。
二十年春正月丙戌，给事中孟养浩以言建储杖阙下，削籍。三月戊辰，宁夏致仕副总兵哱拜杀巡抚都御史党馨、副使石继芳，据城反。辛未，王家屏致仕。壬申，总督军务兵部尚书魏学曾讨宁夏贼。戊寅，赐翁正春等进士及第、出身有差。夏四月甲辰，总兵官李如松提督陕西讨贼军务。甲寅，甘肃巡抚都御史叶梦熊帅师会魏学曾讨贼。撦力克擒贼，叩关献俘，复还二年市赏。五月，倭犯朝鲜，陷王京，朝鲜王李公奔义州求救。六月丁未，诸军进次宁夏，贼诱河套部入犯，官军击却之。秋七月癸酉，免陕西逋赋。甲戌，副总兵祖承训帅师援朝鲜，与倭战于平壤，败绩。甲申，罢三边总督魏学曾，以叶梦熊代之，寻逮学曾下狱。八月乙巳，兵部右侍郎宋应昌经略备倭军务。己酉，诏天下督抚举将材。九月壬申，宁夏贼平。冬十月壬寅，李如松提督蓟、辽、保定、山东军务，充防海御倭总兵官，救朝鲜。是月，振畿内、浙江、河南被灾诸府蠲租有差。十一月戊辰，御午门，受宁夏俘。十二月甲午，以宁夏贼平，告天下。是年，暹罗、土鲁番入贡。
二十一年春正月甲戌，李如松攻倭于平壤，克之。辛未，王锡爵还朝。辛巳，诏并封三皇子为王，廷臣力争，寻报罢。壬午，李如松进攻王京，遇倭于碧蹄馆，败绩。二月甲寅，敕劳东征将士。夏四月癸卯，倭弃王京遁。六月丁酉，诏天下每岁夏月录囚，减释轻系，如两京例。癸卯，倭使小西飞请款。秋七月癸丑，召援朝鲜诸边镇兵还。乙卯，慧星见，敕修省。八月丙戌，以灾异敕戒内外诸臣修举实政。冬十月丙申，停刑。十二月丙辰，蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事，召宋应昌、李如松还。是年，振江北、湖广、河南、浙江、山东饥。河南矿贼大起。乌斯藏入贡。
二十二年春正月己亥，诏以各省灾伤，山东、河南、徐、淮尤甚，盗贼四起，有司玩愒，朝廷诏令不行。自今以安民弭盗为抚按有司黜陟。二月癸丑，皇长子常洛出阁讲学。甲子，遣使振河南，免田租。三月癸卯，诏修国史。夏四月己酉朔，日有食之。五月辛卯，礼部尚书陈于陛、南京礼部尚书沈一贯并兼东阁大学士，预机务。庚子，王锡爵致仕。六月己酉，雷雨，西华门灾。敕修省。秋七月丙申，河套部长失兔犯延绥。是月，延绥总兵官麻贵败河套部敌于下马关。冬十月己未，南京兵部右侍郎邢玠总督川、贵军务，讨播州宣慰使杨应龙。丁卯，诏倭使入朝。是月，炒花犯辽东，总兵官董一元败之。是年，琉球、乌斯藏入贡。
二十三年春正月癸卯，遣都督佥事李宗城、指挥杨方亨封平秀吉为日本国王。三月乙未，赐硃之蕃等进士及第、出身有差。夏五月丁酉，京师地震，敕修省。秋九月戊寅，青海部长永邵卜犯甘肃，参将达云败之。乙酉，诏复建文年号。冬十一月辛未，湖广灾，蠲振有差。十二月辛丑，大学士赵志皋等请发留中章奏，不报。是年，江北大水，淮溢，浸泗州祖陵。
二十四年春二月戊申，麻贵袭河套部，败之。三月乙亥，乾清、坤宁两宫灾，敕修省。壬辰，下诏自责。是月，火落赤犯洮河，总兵官刘綎破走之。夏四月己亥，李宗城自倭营奔还王京。五月戊辰，河套部敌犯甘肃，总兵官杨浚击破之。庚午，复议封倭，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬往。六月，振福建饥。秋七月丁卯，吏部尚书孙丕扬请发推补官员章疏，不报。戊寅，仁圣皇太后崩。乙酉，始遣中官开矿于畿内。未几，河南、山东、山西、浙江、陕西悉令开采，以中官领之。群臣屡谏不听。闰八月乙丑朔，日有食之。丁卯，大学士赵志皋请视朝，发章奏，罢采矿，不报。九月乙未，杨方亨至日本，平秀吉不受封，复侵朝鲜。乙卯，葬孝安庄皇后。是月，河套部犯宁夏。总兵官李如柏击败之。是秋，河决黄堌口。冬十月丙子，停刑。乙酉，始命中官榷税通州。是后，各省皆设税使。群臣屡谏不听。十二月乙亥，陈于陛卒。
二十五年春正月丙辰，朝鲜使来请援。二月丙寅，复议征倭。丙子，前都督同知麻贵为备倭总兵官，统南北诸军。三月乙巳，山东右参政杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务。己未，兵部侍郎邢玠为尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略御倭。夏六月戊寅，皇极、中极、建极三殿灾。癸未，罢修国史。秋七月癸巳，诫谕群臣。丁酉，诏赦天下。是月，杨应龙叛，掠合江、綦江。八月丁丑，倭破朝鲜闲山，遂薄南原，副总兵杨元弃城走，倭逼王京。甲申，京师地震。九月壬辰，逮前兵部尚书石星下狱，论死。冬十月甲戌，安南黎惟潭篡立，款关请罪，诏授安南都统使。是年，琉球入贡。
二十六年春正月，官军攻倭于蔚山，不克，杨镐、麻贵奔王京。三月癸卯，赐赵秉忠等进士及第、出身有差。壬子，群臣诣文华门疏请皇长子冠婚，不允。夏四月丁卯，辽东总兵官李如松出塞，遇伏战死。壬申，京师旱，敕修省。六月丁巳，杨镐罢。戊午，中官李敬采珠广东。丙寅，张位罢。丙子，巡抚天津佥都御史万世德经略朝鲜。秋七月丙戌，中官鲁保鬻两淮余盐。八月丁丑，京师地震。九月壬辰，免浙江被灾田租。冬十月乙卯，总兵官刘綎、麻贵分道击倭，败之。董一元攻倭新寨，败绩。十一月戊戌，倭弃蔚山遁，官军分道进击。十二月，总兵官陈璘破倭于乙山，朝鲜平。是年，乌斯藏入贡。
二十七年春二月壬子，分遣中官领浙江、福建、广东市舶司。是月，贵州巡抚江东之遣兵讨杨应龙，败绩。三月己亥，前兵部侍郎李化龙总督川、湖、贵州军务，讨杨应龙。夏四月甲戌，御午门，受倭俘。是月，临清民变，焚税使马堂暑，杀其参随三十四人。闰月丙戌，以倭平，诏天下，除东征加派田赋。己丑，久旱，敕修省。丙申，以诸皇子婚，诏取太仓银二千四百万两。户部告匮，命严核天下积储。六月己亥，杨应龙陷綦江，参将房嘉宠、游击张良贤战死。秋八月甲午，陕西狄道县山崩。九月，土蛮犯锦州。
冬十月壬午，振京城饥民。丙戌，以播州用兵，加四川、湖广田赋。戊子，贵州宣慰使安疆臣有罪，诏讨贼自赎。十一月己酉，免河南被灾田租。癸酉，振畿辅及凤阳等处饥。十二月丁丑，武昌、汉阳民变，击伤税使陈奉。戊子，振京师就食流民。是年，琉球入贡。
二十八年春二月戊寅，京师地震。丙戌，李化龙帅师分八路进讨播州。夏六月丁丑，克海龙囤，杨应龙自缢死，播州平。秋七月辛亥，旱，敕修省。八月辛未，慈庆宫成。丙子，罢朝鲜戍兵。九月甲寅，停刑。是秋，炒花犯辽东，副总兵解生等败没。冬十月辛未，贵州皮林苗叛，总兵官陈璘讨之。丙子，云南税监杨荣开采阿瓦、孟密宝井。十二月乙未，御午门，受播州俘。是年，两畿各省灾伤，民饥盗起，内外群臣交章请罢矿税诸监，皆不听。大西洋利玛窦进方物。
二十九年春正月壬子，以播州平，诏天下，蠲四川、贵州、湖广、云南加派田租逋赋，除官民诖误罪。是月，皮林苗贼平。二月甲戌，振大同、宣府饥。三月乙卯，赐张以诚等进士及第、出身有差。是月，武昌民变，杀税监陈奉参随六人，焚巡抚公署。夏四月乙酉，征陈奉还，以守备承天中官杜茂代之。五月，苏州民变，杀织造中官孙隆参随数人。六月，京师自去年六月不雨，至是月乙亥始雨。山东、山西、河南皆大旱。丁亥，法司请热审，不报。是夏，振畿内饥。秋九月壬寅，河决开封、归德。丁未，赵志皋卒。癸丑，振贵州饥。戊午，前礼部尚书沈鲤、硃赓并兼东阁大学士，预机务。冬十月己卯，立皇长子常洛为皇太子，封诸子常洵福王，常浩瑞王，常润惠王，常瀛桂王。诏赦天下。壬辰，加上慈圣皇太后尊号。十二月辛未，诏复朵颜马市。是年，琉球入贡。
三十年春正月己未，以四方灾异敕修省。二月己卯，不豫，召大学士沈一贯于启祥宫，命罢矿税，停织造，释逮击，复建言诸臣职。翼日，疾瘳，寝前诏。甲申，重建乾清、坤宁宫。闰月丙申，复河套诸部贡市。戊午，河州黄河竭。三月甲申，腾越民变，杀税监委官。夏四月辛丑，振顺天、永平饥。五月乙亥，法司请热审，不报。秋七月辛巳，边饷缺，命严催积逋。是月，缅贼陷蛮莫宣抚司，宣抚思正奔腾越，贼追至，有司杀正以谢贼，始解。冬十月戊戌，振江北灾。丙辰，停刑。是年，琉球、哈密入贡。
三十一年春三月戊午，吏部奏天下郡守阙员，不报。是月，播州余贼吴洪等作乱，有司讨平之。夏四月丁亥朔，日有食之。五月丙辰，阁臣请热审，不报。戊寅，京师地震。凤阳大雨雹，毁皇陵殿脊。是夏，河决苏家庄，北浸丰、沛、鱼台、单县。秋九月甲子，江北盗起。冬十月甲申，停刑。丙申，睢州贼杨思敬作乱，有司讨擒之。十一月甲子，获妖书，言帝欲易太子，诏五城大索。十二月丙戌，召见皇太子于启祥宫，赐手敕慰谕。
三十二年春二月壬寅，阁臣请补司道郡守及遣巡方御史，不报。三月甲子，乾清宫成。乙丑，赐杨守勤等进士及第、出身有差。夏四月辛巳朔，日有食之。是月，浚泇河工成。五月癸酉，雷火焚长陵明楼。六月丙戌，以陵灾，命补阙官恤刑狱。丁酉，昌平大水，坏长、泰、康、昭四陵石梁。秋七月庚戌，京师大雨，坏城垣。辛酉，振被水居民。八月辛丑，群臣伏文华门，疏请修举实政，降旨切责。丙午，分水河工成。九月戊申，振畿南六府饥。闰月辛丑，武昌宗人蕴鉁等作乱，杀巡抚都御史赵可怀。冬十月甲寅，始叙平播州功。
是年，琉球、乌斯藏入贡。
三十三年春正月，重修京师外城。庚辰，银定、歹成犯镇番，总兵官达云击败之。夏四月辛亥，蕴鉁等伏诛。五月丙申，凤阳大风雨，毁陵殿神座。庚子，雷击圜丘望灯高杆。六月乙巳，以雷警，敕修省。秋八月己巳，停刑。九月甲午，昭和殿灾。丙申，京师地震。
冬十一月辛巳，免淮阳被灾田租。十二月壬寅，诏罢天下开矿。以税务归有司，岁输所入之半于内府，半户、工二部。丙午，免河南被灾田租。乙卯，以皇长孙生，诏赦天下。开宗室科举入仕例。罢采广东珠池、云南宝井。
三十四年春二月庚戌，加上皇太后徽号。辛亥，大学士沈鲤、硃赓请补六部大僚，不报。三月己卯，云南人杀税监杨荣，焚其尸。丁酉，真定、顺德、广平、大名灾，蠲振有差。夏四月癸亥，浚硃旺口河工成。五月癸酉，河套部犯延绥，官军击走之。六月癸卯，缅甸陷木邦。是月，畿内大蝗。秋七月癸未，沈一贯、沈鲤致仕。九月甲午，诏陕西严敕边备。冬十月丙申，停刑。十一月己巳，朵颜入犯，总兵官姜显谟御却之。十二月壬子，南京妖贼刘天绪谋反，事觉伏诛。是年，安南、琉球入贡。蒙古喀尔喀诸部悉归我大清。
三十五年春正月辛未，给事中翁宪祥言，抚、按官解任宜候命，不宜听其自去，不报。二月戊戌，安南贼武德成犯云南，总兵官沐睿御却之。三月辛巳，赐黄士俊等进士及第、出身有差。夏四月戊戌，银定、歹成犯凉州，副总兵柴国柱击走之。壬子，顺义王撦力克卒。五月戊子，前礼部尚书于慎行及礼部侍郎李廷机、南京吏部侍郎叶向高并礼部尚书兼东阁大学士，预机务。六月，湖广及徽、宁、太平、严州大水。闰月辛巳，复河套诸部贡市。秋七月庚子，京师久雨。刑部请发热审疏，不报。八月丙寅，振畿内饥。九月甲午，停刑。冬十月癸酉，山东旱饥，蠲振有差。十一月壬子，于慎行卒。十二月，金沙江蛮阿克叛，陷武定，攻围云南，别陷嵩明、禄丰。安南贼犯钦州。是年，琉球入贡。
三十六年春正月，河南、江北饥。二月戊辰，京师地震。夏六月己卯，南畿大水。秋七月丁酉，京师地震。郴州矿贼起。八月癸亥，治云南失事诸臣罪，巡抚都御史陈用宾、总兵官沐睿下狱，论死。庚辰，振南畿及嘉兴、湖州饥。九月甲午，四川巡抚都御史乔璧星奏擒阿克于东川，贼平。冬十一月壬子，硃赓卒。十二月戊午，再振南畿，免税粮。是年，琉球入贡。
三十七年春三月辛卯，拱兔陷大胜堡，游击于守志战于小凌河，败绩。己酉，大学士叶向高请发群臣相攻诸疏，公论是非，以肃人心，不报。夏四月，倭寇温州。秋九月癸卯，左都御史詹沂封印自去。丁未，停刑。是秋，福建、浙江、江西大水。湖广、四川、河南、陕西、山西旱。畿内、山东、徐州蝗。冬十二月己巳，留畿内、山东诸省税银三分之一振饥民。徐州贼杀如皋知县张籓。是年，日本入琉球，执其国王尚宁。哈密入贡。
三十八年春三月癸巳，赐韩敬等进士及第、出身有差。夏四月丁丑，正阳门楼灾。辛卯，以旱灾异常，谕群臣各修职业，勿彼此攻讦。辛丑，振畿内、山东、山西、河南、陕西、福建、四川饥。五月，河南贼陈自管等作乱，有司讨擒之。冬十月辛丑，停刑。十一月壬寅朔，日有食之。丁卯，以军乏饷，谕廷臣陈足国长策，不得请发内帑。是年，乌斯藏入贡。
三十九年春二月庚子，河套部敌犯甘州之红崖、青湖，官军御却之。夏四月，京师旱。戊子，怡神殿灾。丙申，设边镇常平仓。五月壬寅，御史徐兆魁疏劾东林讲学诸人阴持计典，自是诸臣益相攻击。广西、广东大水。六月，自徐州北至京师大水。是夏，停热审。冬十月丁卯，户部尚书赵世卿拜疏自去。甲申，停刑。阁臣请释轻犯，不报。是年，暹罗入贡。
四十年春二月癸未，吏部尚书孙丕扬拜疏自去。三月丙午，振京师流民。夏四月丙寅，南京各道御史言：「台省空虚，诸务废堕，上深居二十余年，未尝一接见大臣，天下将有陆沈之忧。」不报。五月甲午朔，日有食之。秋八月，河决徐州。九月庚戌，李廷机拜疏自去。冬十月甲申，停刑。是年，琉球中山王尚宁遣使报归国。
四十一年春正月庚申，谕朝鲜练兵防倭。三月癸酉，赐周延儒等进士及第、出身有差。夏五月己巳，谕吏部都察院：「年来议论混淆，朝廷优容不问，遂益妄言排陷，致大臣疑畏，皆欲求去，甚伤国体。自今仍有结党乱政者，罪不宥。」六月乙未，卜失兔袭封顺义王。秋七月甲子，兵部尚书掌都察院事孙玮拜疏自去。九月壬申，吏部左侍郎方从哲、前吏部左侍郎吴道南并礼部尚书兼东阁大学士，预机务。庚辰，吏部尚书赵焕拜疏自去。是年，两畿、山东、江西、河南、广西、湖广、辽东大水。乌斯藏入贡。
四十二年春正月乙丑，总兵官刘綎讨建昌叛蛮，平之。二月辛卯，慈圣皇太后崩。己酉，振畿内饥。三月丙子，福王之国。夏四月丙戌，以皇太后遗命赦天下。六月甲午，葬孝定皇后。秋八月甲午，礼部右侍郎孙慎行拜疏自去。癸卯，叶向高致仕。是年，安南、土鲁番入贡。
四十三年春正月乙丑，徐州决河工成。三月丁未朔，日有食之。夏五月己酉，蓟州男子张差持梃入慈庆宫，击伤守门内侍，下狱。丁巳，刑部提牢主事王之寀揭言张差狱情，梃击之案自是起。己巳，严皇城门禁。癸酉，召见廷臣于慈宁宫。御史刘光复下狱。甲戌，张差伏诛。六月戊寅，久旱，敕修省。秋七月己酉，振畿内饥。甲戌，停刑。闰八月庚戌，重建三殿。丁巳，山东大旱，诏留税银振之。丁卯，河套诸部犯延绥，官军御之，败绩，副将孙弘谟被执。冬十月辛酉，京师地震。十一月戊寅，振京师饥民。
四十四年春三月辛未朔，日有食之。乙酉，赐钱上升等进士及第、出身有差。是春，畿内、山东、河南、淮、徐大饥，蠲振有差。夏四月戊午，河南盗起，谕有司抚剿。六月壬寅，河套诸部犯延绥，总兵官杜文焕御却之。丁卯，河决祥符硃家口，浸陈、杞、睢、柘诸州县。秋七月乙未，河套部长吉能犯高家堡，参将王国兴败没。是月，陕西旱，江西、广东水，河南、淮、扬、常、镇蝗，山东盗贼大起。冬十月丁未，停刑。十一月己巳，隆德殿灾。
四十五年春二月戊午，以去冬无雪，入春不雨，敕修省。三月辛未，镇抚司缺官，狱囚久系多死，大学士方从哲等以请，不报。乙亥，振江西饥。夏五月丙子，久旱，再谕修省。六月丙申，畿南大饥，有司请振，不报。是月，阁臣法司请热审，不报。秋七月癸亥朔，日有食之。丁卯，吴道南以忧去。是年，两畿、河南、山东、山西、陕西、江西、湖广、福建、广东灾。暹罗、乌斯藏入贡。
四十六年春二月乙巳，振广东饥。夏四月甲辰，大清兵克抚顺城，千总王命印死之。庚戌，总兵官张承胤帅师援抚顺，败没。闰月庚申，杨镐为兵部左侍郎兼右佥都御史，经略辽东。六月壬午，京师地震。是夏，有司请热审，不报。秋七月丙午，大清兵克清河堡，守将邹储贤、张旆死之。八月壬申，海运饷辽东。庚辰，乃蛮等七部款塞。辛巳，停刑。九月壬辰，辽师乏饷，有司请发各省税银，不报。辛亥，加天下田赋。乙卯，京师地震。冬十一月甲午，以灾异敕修省。十二月丁巳，河套部长猛克什力来降。是年，土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏入贡。
四十七年春二月乙丑，经略杨镐誓师于辽阳，总兵官李如柏、杜松、刘綎、马林分道出塞。三月甲早，杜松遇大清兵于吉林崖，战死。乙酉，马林兵败于飞芬山，兵备佥事潘宗颜战死。庚寅，刘綎兵深入阿布达里冈，战死。辛丑，赐庄际昌等进士及第、出身有差。夏四月癸酉，盔甲厂灾。六月丁卯，大清兵克开原，马林败没。癸酉，大理寺丞熊廷弼为兵部右侍郎兼右佥都御史，经略辽东。甲戌，廷臣伏文华门，请发章奏及增兵发饷，不报。秋八月乙卯，山东蝗。癸亥，逮杨镐。九月庚辰，停刑。戊子，百官伏阙，请视朝行政，不报。冬十月丁巳，振京师饥民。十二月，再加天下田赋。辛未，镇江、宽奠、叆阳新募援兵溃。是年，暹罗入贡。
四十八年春正月庚子，朝鲜乞援。三月庚寅，复加天下田赋。夏四月癸丑，皇后王氏崩。戊午，帝不豫，召见方从哲于弘德殿。秋七月壬辰，大渐，召英国公张惟贤，大学士方从哲，尚书周嘉谟、李汝华、黄嘉善、张问达、黄克缵，侍郎孙如游于弘德殿，勉诸臣勤职。丙申，崩，年五十有八。遗诏罢一切榷税并新增织造诸项。九月甲申，上尊谥，庙号神宗，葬定陵。
◎光宗
光宗崇天契道英睿恭纯宪文景武渊仁懿孝贞皇帝，讳常洛，神宗长子也。母恭妃王氏。万历十年八月生。神宗御殿受贺，告祭郊庙社稷，颁诏天下，上两宫徽号。未几，郑贵妃生子常洵，有宠。储位久不定，廷臣交章固请，皆不听。二十九年十月，乃立为皇太子。
三十一年，获妖书，言神宗欲易太子，指斥郑贵妃。神宗怒。捕逮株连者甚众，最后得皦生光者，磔之。狱乃解。四十一年六月，奸人王曰乾上变，告孔学等为巫蛊，将谋不利于东宫，语连郑贵妃、福王，事具《叶向高传》。四十三年夏五月己酉，蓟州男子张差持梃入慈庆宫，事复连贵妃内珰。太子请以属吏。狱具，戮差于市，毙内珰二人于禁中。自是遂有「梃击」之案。
四十八年七月，神宗崩。丁酉，太子遵遗诏发帑金百万犒边。尽罢天下矿税，起建言得罪诸臣。己亥，再发帑金百万充边赏。八月丙午朔，即皇帝位。大赦天下，以明年为泰昌元年。蠲直省被灾租赋。己酉，吏部侍郎史继偕、南京礼部侍郎沈飗为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。辽东大旱。庚申，兰州黄河清，凡三日。甲子，礼部侍郎何宗彦、刘一燝、韩爌为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。乙丑，南京礼部尚书硃国祚为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。召叶向高。遣使恤刑。丙寅，帝不豫。戊辰，召对英国公张惟贤、大学士方从哲等十有三人于乾清宫，命皇长子出见。甲戌，大渐，复召从哲等受顾命。是日，鸿胪寺官李可灼进红丸。九月乙亥朔，崩于乾清宫，在位一月，年三十有九。熹宗即位，从廷臣议，改万历四十八年八月后为泰昌元年。冬十月，上尊谥，庙号光宗，葬庆陵。
赞曰：神宗冲龄践阼，江陵秉政，综核名实，国势几于富强。继乃因循牵制，晏处深宫，纲纪废弛，君臣否隔。于是小人好权趋利者驰骛追逐，与名节之士为仇雠，门户纷然角立。驯至悊、愍，邪党滋蔓。在廷正类无深识远虑以折其机牙，而不胜忿激，交相攻讦。以致人主蓄疑，贤奸杂用，溃败决裂，不可振救。故论者谓明之亡，实亡于神宗，岂不谅欤。光宗潜德久彰，海内属望，而嗣服一月，天不假年，措施未展，三案构争，党祸益炽，可哀也夫！