张孝起他们当然不是聚众谋反，他们的诉求从一开始就明明白白，那就是请监国殿下将为绍武翻案的奏章留中不发，同时惩治上此奏章的“佞幸小人”。自始至终，发起的官员没有一个有过谋反念头，但欲加之罪何患无辞。周士相以谋逆罪给这次监国行宫闹事案定了性。为了让谋逆罪坐实，管刑部的丁之相等人搬出大明律法，从中择摘十八条罪名以佐领张孝起等人聚众为图谋不轨。
当日，张孝起、马安民、王万达、郭天叙、秦荣、程邦俊等136名朝官被捕，另有378名士绅及中举未进学又未归乡的士子被捕，参与闹事百姓被捕者2650人。一时间，广州府的牢房爆满，以致不得不将部分犯人关押在城外越秀大营。因军帅府严令，广州府不敢私放一人，使得府衙外犯人家眷哭嚎不已。
唐王对周士相不经自己同意就杀人、抓人、关人的举动很是愤怒，命首辅郭之奇拿他谕令命周士相放人。
周士相很是愤怒的对首辅郭之奇道：“朝中之议，有不同意见者可上疏直达监国殿下，或递表通政使司代传，是非公直总有朝廷公断，焉能不经官面程序而私下串连，煽动百姓冲击行宫，以造成声势压迫监国，压迫朝廷！倘若此举得逞，日后人人学之，但凡不合心意，便使人冲击官府朝廷，国家如何治理，朝廷又有何公信可言？”
郭之奇反复为张孝起等人求情，周士相都是冷面一张，只称需依律法处置，不能循私，更不能枉法。
郭之奇走时，周士相命人将这些天来广州府统计出的有关打砸、抢劫等案卷薄送上，共计369桩，桩桩皆有苦主，桩桩皆叙述分明，内中不乏苦主为牢中待罪之人。又取特别卷，为所捕犯人自供通鞑作乱，欲使广州内乱，借此反对唐王监国，以为大清之助口供。另有参与闹事地主士绅从前为清廷卖命出力事迹，都是各地详加察明，快马递呈广州。白纸黑字，又有乡邻作证，更有从前受害乡民状纸，当真是铁证如山。
郭之奇无语，知这些案卷有真有假，但就算周士相统统拿假作真，人在他手上，话都是他说，他一空头首辅又能如何。郭之奇无果回奏唐王之后，唐王自是不满，再派司礼太监潘应龙传谕放人，更于宫中声称周士相若不放人，他便不再监国。
周士相不得已，亲往行宫觐见唐王，当殿说道：“臣当日在文村就对殿下说过：此生唯以杀虏复国为志。谁要阻拦北伐、阻拦光复河山的大业，臣就算落个千古骂名也不会让这等奸人得逞。若殿下信不过臣，殿下这便可以命锦衣卫把臣推出午门斩了，臣绝不多说一句怨言！”
又道：“毅宗烈皇帝曾言：百官皆可杀。这些所谓的士大夫平时满口仁义道德，实际上大部分人闯来投闯，虏来降虏，毫无节操。南都城破时，有几个士大夫殉国死节？倒是笏板堆积成山，争相向鞑子屠夫多铎输诚请降！清虏占据广东时，这些人又有几个和今天这样对鞑子大义凌然，据理力争？！又有几个对鞑子射过一箭？收复过一寸土地？今日我大军出师北伐在即，这些鼠辈反倒来谋乱了！如果对这些坏我光复大计的伪君子真小人不加严惩，北伐将士们怎么想？为我大明殉节的忠臣义士们怎么想？天下黎民百姓又怎么想？！”
唐王一时无言。
“今日臣的话，殿下信也罢不信也罢；臣今日所为之事，殿下认为是功也罢罪也罢，且请记在臣的账上。他日待臣灭了鞑虏，光复我大明社稷，尽将我汉家父老百姓出了水火之后，殿下便以今日的事情诛杀了臣，臣也绝不喊一个冤字！”
周士相斩钉截铁，丝毫不肯退让。
唐王细一琢磨，周士相所言未必无道理，加上潘应龙委婉提醒唐王，他刚监国就有大臣聚众于行宫冲击宫门，此事往大了看也可视为张孝起他们对唐王有不轨之心；往小了看也是张孝起他们干犯礼制，于君无礼。于是唐王怒火稍息，他也不想将此事闹大，遂以答应周士相召集内阁宣布平反绍武帝为条件，换取周士相不得大开杀戒的承诺。
自己的最终目的得逞，唐王又好言相劝，周士相亦不能不无表示，表示对于所捕之人，无官职者又无作案前科，可以罚银了事；有为非作歹前科，又于事件当中趁乱抢劫，打砸破坏之人，则交由广州府审明定罪，罪重者依律重治，罪轻者发往佛山铁矿服苦役；有官职者则由周士相命人详加审讯，确认无通敌、无谋逆之心者，可交由唐王发落，余者由军帅府审明罪状之后再行定夺。
唐王知这是周士相的底线，想到张孝起等人毕竟也是煽众闹事，矛头直接对准周士相，不给周士相一个交待也不妥，当下便也妥协，同意这个处置。
从行宫回来后，张安却立即来见，禀报说军情司在审讯过程中发现参与闹事的百姓当中有不少是会道门分子，而士绅之中亦有此类人员存在，不少还是当地秘密结社的道门主持。
周士相命人将汪士荣找来，将张安所报之事告诉汪士荣，另外将前番各地的奏报也说一些，大意是朝中和地方还广泛存在对太平军不服的旧势力、清军奸细及土匪和在乡间活动的清军散兵游勇，这些人在远离城池、乡镇的山区和交通不便地区活动猖獗，各地太平军和地方保安队虽多次清剿，但却不能彻底消灭这些势力，一旦他率太平军主力北伐，后方很可能会因此生乱，故想听听汪士荣有什么好办法能解决这个问题。
汪士荣没想到周士相会特意征询他的意见，甚是激动。思虑片刻后提出了一个十二字方针，即“诛首恶、囚随从、迁诸生、释愚民”
汪士荣首先建议对抓捕的那些地主士绅，可分批交还地方，由地方察明其于伪清时期有无通敌行为，若有，则以汉奸罪名斩杀，其家直系男丁概以通敌罪论处。若无通敌行为，则由地方管束，命乡村监督，未经允许不得离家。
而对那些因为中举却得不到官做的读书人，汪士荣的建议是将这些人送到安南去，授予他们在安南的大小官职，如此既可让这些人为军帅府效力，又可得官做，还不让他们在国内发牢骚，历练些年总会出些人才。
至于官员，汪士荣的意见很明确，有唐王在，把人杀了肯定不好。但又不能不杀上一批，否则这帮人不知畏惧，下次有机会说不定还会添乱。故当将为首的官员交军情司处置，坐实他的通敌罪名，杀上一批，如此才能让余下的官员认清现状，知道自己有几斤几两。
周士相听后觉得汪士荣的办法不错，命人找来张安，给他一份名单，让他往韶州去一趟，请大清的广东提督帮忙坐实闹事为首官员的通敌罪名。当然，如果军情司直接查出有官员暗中通敌，那自然不须多费手脚。
针对周士相所提出的会道门分子、土匪**细等问题，汪士荣又提出了一个整肃镇反计划。
按汪士荣的计划，镇反分三个阶段，今年即永历十三年七月至十月为第一阶段，在两广范围内进行内部肃反，清除地方官府内部不坚定的摇摆分子，重点是那些前清降官。同时在地方驻军和地方保安团队中也要开展清查，大规模发动百姓检举揭发那些暗中和清军、会道门分子有联系的官员。
第二阶段为十月至明年三月，届时由军帅府统一指挥各地，调集驻军、府县乡村保安队力量，集中力量打击土匪、奸细、汉奸及恶霸势力，定下包片包区负责制，对负责官员进行考核，同时在广东开始取缔帮、派、社、道等组织。
第三阶段则是明年三月以后，主要就是将广东所取得的经验向广西和湖南推广，将广东前两阶段的经验总结成册，好处要重点推广，不好的地方也要及时改进。所谓取其精华，去其糟粕。
周士相听后，觉得这个办法和太平军在湘西剿匪的经验差不多，所区别是这一次加上了城镇中的会道门和恶霸势力，并且第一次在太平军的军政体系中开展自查自清。
“大帅，我以为对匪首、惯匪、恶霸及确有证据的重要汉奸和会门头子，应当放手杀几批，杀个人头滚滚，如此才是乱世用重典。对于那些和这类人有勾结的官员，便是军中将领也要该杀的杀，该抓的抓，绝不能留情。”
“首恶惯匪自是要统统杀了，从匪的和那些信徒帮派分子，捡些罪轻的充到各地农场铁矿，罪重的便发到安南去。远征军在安南取了两个地方，正好修筑两座新城，让这些人去，城建好后就留在那里。以后有重犯也可考虑送到安南去，免得浪费人力。”
周士相很满意汪士荣的方案，示意袁廓宇和管刑部的丁之相连夜起草一份上监国奏疏，名为《请肃地方安靖表》，以便能够获得唐王对地方整治的支持。
宋襄公对周士相突然要搞镇反，且在军内也要搞有些不解，周士相对他解释说，以前为什么不能大量镇压那些旧地主士绅残余势力和地方的反对派，不在军中清除不稳定分子，是因为时机不成熟，两广人口有限，钱粮短缺的问题也没有解决，且一直在同清军殊死战斗，没有那个时间和精力。
现在情况不同了，赵自强的远征军在安南取得大胜，制服了安南郑氏，得到了大量赔款和粮食，还能年年从安南得到人力输送，所以人口、钱粮短缺的问题基本解决。军事方面，太平军连续大胜，西南清军已被封锁，福建和江西的清军又构不成威胁，又建了三大野战军团，可以腾出手、调出兵马着手解决这件事。更加重要的是，难得有这次行宫闹事事件，要好好利用这次机会，否则积弊下去没有好处。
宋襄公问为什么选择在马上北伐这个节骨眼开展内部镇反，周士相的回答是：“北伐有好处，有什么好处？北伐的锣鼓响起来，响得很厉害，建村设乡的锣鼓、镇压汉奸、打击旧官僚、士绅势力的锣鼓就不大听见了，就好搞了。如果没有北伐的锣鼓响得那么厉害，那么镇反的锣鼓就不得了了。这里打死一个地主，那里也杀了一个旧官僚，再那里又杀了一帮道门分子，抓了一些帮派分子，到处闹，天下人就会觉得我们两广对地主士绅不友好，对读书人不友善，对百姓也不好，那后面很多事情就不好办了....尤其我们这次北伐重点是夺取南都，占领江南，而江南的士绅最多，因此我们必须让天下人知道我们要杀的是通敌的士绅，是那些渔肉乡里，勾结土匪、道门祸害百姓的官员士绅，而不是知大义、识大体、亲百姓、明事理的士绅。”